
Tenho um arquivo com a seguinte estrutura:
GO:0000001 mitochondrion inheritance
GO:0000002 mitochondrial genome maintenance
GO:0000003 reproduction
alt_id: GO:0019952
alt_id: GO:0050876
GO:0000005 obsolete ribosomal chaperone activity
GO:0000006 high-affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
GO:0000007 low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
GO:0000008 obsolete thioredoxin
alt_id: GO:0000013
GO:0000009 alpha-1,6-mannosyltransferase activity
Onde está escrito alt_id
significa que é uma alternativa ao GO:
código anterior. Gostaria de adicionar a cada um alt_id
a definição do anterior GO:
, ou seja, quero uma saída como esta:
GO:0000001 mitochondrion inheritance
GO:0000002 mitochondrial genome maintenance
GO:0000003 reproduction
alt_id: GO:0019952 reproduction
alt_id: GO:0050876 reproduction
GO:0000005 obsolete ribosomal chaperone activity
GO:0000006 high-affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
GO:0000007 low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
GO:0000008 obsolete thioredoxin
alt_id: GO:0000013 obsolete thioredoxin
GO:0000009 alpha-1,6-mannosyltransferase activity
Como posso copiar o conteúdo da linha anterior a seguir? Trabalho com Cygwin em um ambiente baseado em Windows.
Responder1
Com awk
, não tenho certeza se funcionaráCygwin
$ awk '{ if(/^alt_id/){$0 = $0" "p} else{p = ""; for (i=2; i<=NF; i++) p = p" "$i} } 1' ip.txt
GO:0000001 mitochondrion inheritance
GO:0000002 mitochondrial genome maintenance
GO:0000003 reproduction
alt_id: GO:0019952 reproduction
alt_id: GO:0050876 reproduction
GO:0000005 obsolete ribosomal chaperone activity
GO:0000006 high-affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
GO:0000007 low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
GO:0000008 obsolete thioredoxin
alt_id: GO:0000013 obsolete thioredoxin
GO:0000009 alpha-1,6-mannosyltransferase activity
- Para cada linha que não corresponde
alt_id
ao início da linha, use uma variável (p
) para salvar todas as colunas de duas em diante - Quando a linha corresponde
alt_id
ao início da linha, anexe o conteúdo dap
variável à linha de entrada contida na$0
variável - O final
1
é um atalho para imprimir o conteúdo de$0
Responder2
A tarefa pode ser facilmente realizada porsed
sed '
N #append next line (operate with `line1\nline2`);
/\nalt_id/s/\([^0-9]*\)\n.*/&\1/
#if next line starts with `alt_id` the append end of present line
P #print present line (all before `\n`)
D #remove all before `\n`, starts from begin with remain part (line2)
' file
Outra maneira é usar hold-space
sed '
/^alt_id:/G #if line starts by `alt_id:` append hold-space
s/\n// #remove `\n`ewline symbol
t #if removing success pass further commands (go to end)
h #if no (for other lines) copy it to hold-space
s/\S*// #remove all non-space symbols from start till first space
x #exchange hold-space and pattern-space ==
#+put resedue into hold-space and return full line
' file