Eu sei que esta deveria ser uma pergunta boba, mas como altero o modo de foco da janela/terminal no Ubuntu 14.04.1 executando o GNOME Flashback (Compiz) [3.8.4]?
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Instale a ferramenta gnome tweak ( gnome-tweak-tool), e aí você terá a opção em "Windows" -> "Modo de foco da janela"