☰

Como exportar valores de dados no terminal para arquivo CSV no Bash

tag-icon • tag-icon shell-script text-processing
Como exportar valores de dados no terminal para arquivo CSV no Bash

Gostaria de exportar os valores dos dados gerados no Terminal para um arquivo CSV, a seguir está a saída que obtenho após executar uma instrução no Freesurfer

dev@dev-OptiPlex-780:~$ mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only

    $Id: mri_segstats.c,v 1.75.2.9 2013/02/16 00:09:33 greve Exp $
    cwd 
    cmdline mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only 
    sysname  Linux
    hostname dev-OptiPlex-780
    machine  x86_64
    user     dev
    UseRobust  0
    atlas_icv (eTIV) = 1144730 mm^3    (det: 1.701803 )

Da saída acima, gostaria de extrair apenas o valor de atlas_ICV (eTIV) (ou seja, = 1144730 mm ^ 3) em um arquivo csv usando script bash, qualquer sugestão seria muito apreciada.

Eu escrevi um código automatizado para extrair o valor ICV para 10 assuntos que tenho em meu diretório

    for ICV in `cat list_subjects.txt`;do

    #mri_segstats --subject $ICV --etiv-only

   ICV_Calculation=mri_segstats --subject $ICV --etiv-only | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'

    echo "${Subjects_ICV},${ICV_Calculation}" >>Subjects_ICV.csv

    done

onde list_subjects.txt inclui todos os assuntos que tenho em meu diretório

Responder1

Eu gostaria de extrair apenas o valor de atlas_ICV (eTIV)(ou seja = 1144730 mm^3)

Dado este arquivo:

: mri_segstats.c,v 1.75.2.9 2013/02/16 00:09:33 greve Exp $
cwd 
cmdline mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only 
sysname  Linux
hostname dev-OptiPlex-780
machine  x86_64
user     dev
UseRobust  0
atlas_icv (eTIV) = 1144730 mm^3    (det: 1.701803 )

Eu posso usar isso sed:

sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p' atlas
1144730 mm^3

Se você deseja extrair esse valor da saída para STDOUT, basta usar um pipe, assim:

cat atlas | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'
1144730 mm^3

No seu caso, acho que seria assim:

mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'

sed --version
sed (GNU sed) 4.2.2

informação relacionada