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Uma pergunta bastante antiga, mas acabei de ter o mesmo problema no Loki e encontrei uma solução para ele. Parece ter acontecido quando o sistema estava sobrecarregado de memória (embora não tenha certeza). Descobri que as fontes padrão do Pantheon mudaram. Foi complicado verificar porque o terminal gráfico também tinha essas fontes estranhas, então tive que abrir um terminal baseado em texto (Ctrl+Alt+F1). Lá encontrei a fonte padrão:
mikki@mikki-dell:~$ gsettings get org.gnome.desktop.interface font-name
'Redacted Script Regular 9'
mikki@mikki-dell:~$ gsettings get org.gnome.desktop.interface monospace-font-name
'Redacted Script Light 10'
Acontece que essas são fontes de script bastante ilegíveis. Mudei rapidamente para outra coisa (precisa ser inserida no terminal gráfico), como:
mikki@mikki-dell:~$ gsettings set org.gnome.desktop.interface monospace-font-name 'DejaVu Sans Mono'
mikki@mikki-dell:~$ gsettings set org.gnome.desktop.interface font-name 'DejaVu Sans'
As fontes voltaram instantaneamente para legíveis. Os aplicativos devem ser reabertos para pegar a nova fonte.