Como posso resolver esse problema?
user@user-admin:~$ autoreconf -ifv
autoreconf: 'configure.ac' or 'configure.in' is required
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A partir dos seus comentários sobre a resposta agora excluída da AB, você deseja construireste software. Esta resposta aborda esse fato. Da próxima vez, conte-nos qual software você está construindo, quais etapas você tentou até agora e se leu alguma documentação relacionada à construção do software em questão, para obter ajuda mais rapidamente com problemas como esses.
Primeiro, você precisa de todas as dependências de compilação, e a maneira mais rápida de instalar todas elas é este comando, que instala não apenas o compilador, mas também as bibliotecas boost adicionais e o Flex que você precisa. sudo apt-get install build-essential libboost-all-dev cmake flex
Em segundo lugar, crie um diretório e entre nele (você disse ~/prefix/swem seus comentários).
Em terceiro lugar, git clone https://github.com/redpony/cdec.git.
Em quarto lugar,você provavelmente não leu a página README no repositório GitHub que explica quais comandos executar para fazer o software ser compilado. Ele os lista como etapas de construção, após cdentrar na cdecpasta recém-criada:
cmake .
make -j4
make test
./tests/run-system-tests.pl
Por que você executaria outros comandos além dos listados na documentação do repositório, eu não sei. Você precisa ler sobre como construir software, porque isso varia de software para software. Não parece que você precisa autoreconfaqui.