Estou usando o Ubuntu 14.04 com Unity 7.2.6.
Periodicamente, vários aplicativos, quando estão sendo restaurados para não serem minimizados, não renderizam a interface do aplicativo. Minimizar e maximizar para tela inteira não ajuda. É necessário fechar esses aplicativos e reabri-los para continuar a utilizá-los. Darei como exemplo uma captura de tela do Rhythmbox que não mostra nada na janela do Rhythmbox, mas uma tela em branco:
Como lidar com esse problema? Existe uma maneira de forçar o redesenho da GUI do aplicativo na tela? Porque há ocasiões em que pode ser necessário visualizar/copiar ou salvar os dados do aplicativo antes de fechá-lo.
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Uma das coisas que você pode tentar é fazer backup de arquivos de configuração e dados relacionados ao pacote que você não deseja que sejam removidos durante a "limpeza".
Em seguida, limpe o pacote e instale o pacote novamente.
apt purge <packagename>
apt install <packagename>
Como conselho geral, certifique-se de ter as atualizações mais recentes emitindo
apt update
apt upgrade
Um pouco offtopic: você pode considerar mudar para o LTS (16.04) mais recente, pode ser que o problema que você encontrou (e muitos mais) já tenha sido corrigido no Xenial.