☰

Чтение/обработка данных столбца для n-го повторения

tag-icon • tag-icon text-processing awk
Чтение/обработка данных столбца для n-го повторения

У меня есть матрица, в которой указаны количества генов в разных образцах.

Col1: GeneName
Col2: Length
Col3;Col4;Col5; Counts for genes in sampleA/sampleB/sampleC
Col6;Col7;Col8; Total counts in sampleA/sampleB/sampleC

Это пример матрицы.

A1BG    1758    53  4373    207 46005749    43849471    31554941 
A1BG-AS1    2126    5   88  12  46005749    43849471    31554941
A1CF    9695    8882    3522    437 46005749    43849471    31554941 
A2M 5399    15963   12325   7227    46005749    43849471    31554941 
A2M-AS1 6660    50  33  36  46005749    43849471    31554941

Я хочу разделить counts_sampleA / (total_counts_sampleA*Length) и так далее для других выборок.

cat inFile | awk 'BEGIN {OFS="\t"} { print $1,$2,$3/($6*$2),$4/($7*$2),$5/($8*$2) }'

Это ожидаемый результат.

A1BG    1758    6.55307e-10 5.67278e-08 3.73151e-09  
A1BG-AS1    2126    5.11204e-11 9.43963e-10 1.78875e-10   
A1CF    9695    1.99136e-08 8.28471e-09 1.42845e-09   
A2M 5399    6.42672e-08 5.20606e-08 4.24207e-08   
A2M-AS1 6660    1.63186e-10 1.12999e-10 1.71301e-10

Работает хорошо, но не очень хорошо, когда матрица большая. Как бы я записал, если есть 100 образцов, где column3-colum102 будет иметь geneCountinEachSample, а Coulmn103-column202 будет иметь totalCountinEachSample.

Я хочу использовать его с циклом for, чтобы при наличии большего количества выборок он работал с произвольным количеством столбцов?

cat inFile | awk 'BEGIN {OFS="\t"} { row=NF; samples=3; size=$samples+2; for ( i=3; i<=$size; i++); END print $i/$[$i+$samples] }'

Есть предложения, как это сделать? Спасибо!

решение1

Ну, вы почти получили ответ:

awk '
     {cols=((NF/2) + 1)
      for (i=1; i <= cols; i++) {
          if (i >= 3) {
              count_index= i + cols - 2
              printf("%s\t", 1.0 * $i / ($count_index * $2))
          } else {
              printf("%s\t", $i) 
          }
      }
      printf("\n")
     }' inFile

Обратите внимание, что использование cat file | awk ...не является оптимальным, awk обрабатывает файлы как аргументы напрямую; даже в этом случае, использование awk ... < infileбыло бы лучше, чембесполезное использование кошки.

решение2

perl -F'\s+' -lane '$,="\t"; # OFS made a TAB
   my($gN, $gL) = splice @F, 0, 2; # store gene name & length
   print $gN, $gL, map { sprintf "%.5e", $F[$_] / ( $F[$_+@F/2] * $gL ) } 0 .. @F/2-1;
' gene_samples.file
  • FSустановлен на один или несколько пробелов.
  • ORS = RS = \n
  • @Fсодержит поля для данной записи.
  • spliceотделяет 2 элемента, начиная со смещения 0, а также уменьшает размер массива.
  • Из спецификации OP, из того, что осталось в @F, это четные элементы. Первая половина — counts_for_each_sample, а вторая половина — total_count_for_each_sample.

Полученные результаты

A1BG      1758  6.55307e-10  5.67278e-08  3.73151e-09
A1BG-AS1  2126  5.11204e-11  9.43963e-10  1.78875e-10
A1CF      9695  1.99136e-08  8.28471e-09  1.42845e-09
A2M       5399  6.42672e-08  5.20606e-08  4.24207e-08
A2M-AS1   6660  1.63186e-10  1.12999e-10  1.71301e-10

Связанный контент