Я хочу установитьАНАРСИна RHEL 6. У меня установлен Python 2.7.7. Как вы можете прочитать на их домашней странице, ANARCI требует Python 2.6+ и HMMER3. Я скачал anarci tar.gz, затем распаковал его. Установил с помощью
python setup.py install --prefix=/tmp/anarci
Но когда я запускаю /tmp/anarci/bin/ANARCI -h, он не показывает модуль с именем ANARCI.
Как указать зависимость HMMER в этом случае. Как установить ANARCI?
решение1
Спасибо за ответ. Ваши предложения сработали для меня, единственное, что я изменил, это то, что после python мне нужно добавить site-packages в PYTHONPATH.
Итак, export PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/site-packages/:$PYTHONPATH справился с задачей.
В понедельник, 29 мая 2017 г. в 18:53, Данбар, Джеймс написал: Привет, Прашант,
Извините за медленный ответ.
Модуль anarci python должен быть в переменной окружения PYTHONPATH, а двоичный файл hmmscan (из hmmer3) — в переменной окружения PATH.
например, при первом запуске оболочки bash:
экспорт PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/:$PYTHONPATH экспорт PATH=/tmp/HMMER-3.1/binaries/:$PATH
затем: /tmp/anarci/bin/ANARCI
Надеюсь, это поможет. Дайте мне знать, если у вас возникнут дополнительные вопросы.
Всего наилучшего, Джеймс.
29 мая 2017 года в 15:13 Джеймс Данбар написал:
---------- Пересланное сообщение ---------- От: Прашант Шете <[email protected]> Дата: 22 мая 2017 г. в 20:18 Тема: Нумерация антител — ANARCI Установить в:[email protected]
Привет, Джеймс!
Я пытался установить ANARCI изhttp://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/ANARCI.php
Как там написано, требуется python 2.6+ и HMMER3. Я скачал anarci tar.gz, распаковал его и запустил python setup.py install --prefix=/tmp/anarci на машине RHEL 6.
Я также скачал HMMER-3.1, сделал make, make install с префиксом /tmp/HMMER-3.1.
Но когда я запускаю /tmp/anarci/bin/ANARCI, он не показывает модуль с именем anarci. Это потому, что я не указал зависимость HMMER, если да, то как это сделать.