☰

Извлеките первые две части каждой строки с помощью awk

tag-icon • tag-icon awk sed
Извлеките первые две части каждой строки с помощью awk

У меня есть файл, разделенный пробелами, который выглядит так:

0   22:16050847:T:C 0   16050847
0   rs62224609:16051249:T:C 0   16051249
0   22:16051250:G:A 0   16051250
0   GSA-rs138295790 0   16057310

Как мне изменить второй столбец, чтобы извлечь только первые две части? Я хотел бы, чтобы мой вывод выглядел так:

0   22:16050847 0   16050847
0   rs62224609:16051249 0   16051249
0   22:16051250 0   16051250
0   GSA-rs138295790 0   16057310

решение1

Короткийawkподход:

awk '{split($2,a,":"); $2=(length(a)>1)? a[1]":"a[2] : $2}1' file

Выход:

0 22:16050847 0 16050847
0 rs62224609:16051249 0 16051249
0 22:16051250 0 16051250
0 GSA-rs138295790 0 16057310
  • split($2,a,":")- разбить 2-е поле на массив aпо разделителю:

решение2

Если у вас GNU awk:

gawk '{split($2,a,/[:-]/,c); $2 = sprintf("%s%c%s", a[1], c[1], a[2])} 1' file
0 22:16050847 0 16050847
0 rs62224609:16051249 0 16051249
0 22:16051250 0 16051250
0 GSA-rs138295790 0 16057310

решение3

С perl:

perl -lpe 's/^\S+\s+[^:]+:[^:]+\K\S+//' file

С GNU sed:

sed -E ':t s/:\w+//2; tt' file

Выход:

0   22:16050847 0   16050847
0   rs62224609:16051249 0   16051249
0   22:16051250 0   16051250
0   GSA-rs138295790 0   16057310

решение4

Баш:

while read -r f1 f2 rest; do
   printf '%s' "$f1" "$(expr " $f2" : '\([^:]*:[^:]*\).*' \| " $f2")" "$rest"; echo
   # the lone echo provides for the newline
done < yourfile

readразделит поля на $f1, $2, а все остальные будут сгруппированы в $rest. Затем на 2-м поле, $f2, мы запускаем exprизвлечение первого и второго полей, разделенных двоеточием. Если это невозможно, то мы в конечном итоге используем $f2саму переменную.

Сед:

sed -e '
   s/[^[:space:]]\{1,\}/\
&\
/2
   :loop
      s/\n\(.*:.*\):.*\n/\n\1\n/
   tloop
   s/\n//g
' yourfile

Сначала мы охватываем второе поле, \nа затем запускаем цикл по этой области, пока не останется только два поля (или один разделитель полей).

Перл:

perl -pe 's/\G[^:\h]+:[^:\h]+\K\S+//,next while /\S\h+\S/g' yourfile

perl -pe 's/^\h*\S+\h+(?:(?!:)\S)+:(?:(?!:)\S)+\K\S+//' yourfile

perl -F'(\h+)' -lane '
   /:/ and $_ = join ":", (/[^:]+/g)[0,1] for $F[/^\h/?4:2];
   print @F;
' yourfile

Результат

0   22:16050847 0   16050847
0   rs62224609:16051249 0   16051249
0   22:16051250 0   16051250
0   GSA-rs138295790 0   16057310

Связанный контент