я используюClustalXЧтобы выровнять несколько необычно больших последовательностей на моем домашнем компьютере, требуется больше недели, и это значительно ниже максимальной производительности машины.
Вывод top | grep clustalxбудет следующим:
5985 @имя пользователя 0 -20 1971048 105428 9012 R 99,9 2,7 5829:27 clustalx
Он показывает, что загрузка ЦП составляет ~100, а загрузка памяти ~3% ОЗУ. Но системный монитор говорит об обратном,
На картинке 2 ядра ЦП работают на максимуме, это потому, что я использую Firefox и системный монитор, в противном случае это просто одно. Я также установил приоритет clustalx на Very highи все же, я не вижу никаких существенных улучшений.
Что мне еще сделать, чтобы он использовал больше ЦП и ОЗУ. Любые предложения будут полезны.
Средняя загрузка ~2.7 (когда я также использую другие программы)
Я видел следующий пост по этой теме, но он не отвечает на мой вопрос:
Как увеличить использование процессора [закрыто]
Технические характеристики системы:
Ubuntu 64 бит 14.04 LTS на жестком диске объемом 154 ГБ, 4 ГБ ОЗУ, процессор Intel Core i3-4130 с тактовой частотой 3,40 ГГц × 4 процессора и файл подкачки объемом 10 ГБ.
Спецификация программы: ClustalX для Linux — используется для выравнивания биологических последовательностей.
Чтобы определить, является ли моя программа 32/64-битной, я использовал
find /usr/bin/clustalx
/usr/bin/clustalx: исполняемый файл ELF 64-бит LSB, x86-64, версия 1 (SYSV),...
решение1
Легко: запустите программу столько раз, сколько у вас ядер...
То же самое я делаю для перекодирования видео в несколько форматов: не все видеокодеры поддерживают многоядерность/несколько ЦП, поэтому я запускаю video-encore для одного разрешения на одном ядре, а для другого (с другими параметрами командной строки) — на другом ядре.
Низкокачественные рецензенты:некоторые сложные проблемы имеют чрезвычайно простые решения.
решение2
Согласно этому:
https://www.biostars.org/p/44231/
похоже, что clustalx будет работать только с одним ядром, и вам нужно использовать clustal omega или mafft.