☰

Как переименовать файлы в пакетном режиме с помощью команды Unix rename?

tag-icon • tag-icon linux unix perl rename
Как переименовать файлы в пакетном режиме с помощью команды Unix rename?

У меня есть файлы, имена которых выглядят так:

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.bwa.sam

Я хочу заменить все indelна snpв именах, получив

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.bwa.sam

Но почему эта команда unix не работает?

$ rename 's/indel/snp/' *.sam

решение1

Потому что вы используете неправильную программу переименования. Это правильный вариант.

решение2

«Обычная» renameутилита (часть util-linux) принимает 3 или более аргументов (как упоминалось в TFM..)

rename FROM TO filespec...

Таким образом, вы (вероятно) ищете:

rename .indel. .snp. *.sam

Сначала протестируйте это на пустом каталоге, так как вы можете использовать другую реализацию rename.

Или проверьте страницу руководства. кашель

решение3

ls -1 | while read item
do
  mv $item $(echo $item|sed -e s/.indel./.snp./g);
done

решение4

renameне делает sedподстановок в стиле -style. Этот очень короткий скрипт Perl позволит вам сделать regmv *.sam s/indel/snp/:

#!/usr/bin/perl -w
#
# regmv - Rename files using a regular expression
#
# This program renames files by using a regular expression to
# determine their new name.
#
# Usage: regmv file [file ...] regexp
#
# $Id: regmv,v 1.1 1998/10/14 17:07:55 blrfl Exp $
#

sub at_clean()
{
    my $message = $@;
    $message =~ s|\s+at /.*$||s;
    return $message;
}

(@ARGV > 1)
    || die "Usage: regmv [options] file [file ...] regexp\n";

my $expr = pop @ARGV;

$_ = 'SomeValue';
eval "\$_ =~ $expr";
die "Yuck: " . at_clean() if $@;

foreach (@ARGV)
{
    my $old = $_;

    eval "\$_ =~ $expr";

    next if $_ eq $old;

    (rename $old, $_)
        || die "Rename failed: $!\n";
}

Связанный контент