☰

Проблемы с установкой Burrows-Wheeler Aligner (Linux)

tag-icon • tag-icon linux ubuntu virtualbox
Проблемы с установкой Burrows-Wheeler Aligner (Linux)

Пожалуйста, отнеситесь ко мне с пониманием, я только начинаю осваивать виртуальные машины и Linux.

У меня возникли проблемы с установкой BWA (связь) на моей виртуальной машине Linux. Я пробовал несколько методов, наиболее полные инструкции, которые я нашел, были получены в медицинском отделеКорнелл, но я, вероятно, не понимаю, чего они от меня хотят.

Я скачал последнюю версию 0.7.9a с sourceforge и переместил ее в папку в моем домашнем каталоге. Путь к файлу:

/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2

Затем я распаковал файл:

bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2

и затем распаковал файл:

tar xvf bwa-0.7.9a.tar

Затем я зашёл в новый каталог, который я создал:

cd bwa-0.7.9a

Затем я использовал команду «make»

make

Вот тут я застрял:

Терминал выдает такую ​​ошибку:

jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c   bwase.c     bwtsw2_aux.c    kopen.c    NEWS.md
bamlite.h   bwase.h     bwtsw2_chain.c  kseq.h     pemerge.c
bntseq.c    bwaseqio.c  bwtsw2_core.c   ksort.h    QSufSort.c
bntseq.h    bwtaln.c    bwtsw2.h        kstring.c      QSufSort.h
bwa.1       bwtaln.h    bwtsw2_main.c   kstring.h      qualfa2fq.pl
bwa.c       bwt.c       bwtsw2_pair.c   ksw.c      README.md
bwa.h       bwtgap.c    ChangeLog       ksw.h      utils.c
bwa-helper.js   bwtgap.h    COPYING     kthread.c      utils.h
bwamem.c    bwt_gen.c   example.c       kvec.h     xa2multi.pl
bwamem_extra.c  bwt.h       fastmap.c       main.c
bwamem.h    bwtindex.c  is.c        Makefile
bwamem_pair.c   bwt_lite.c  kbtree.h        malloc_wrap.c
bwape.c     bwt_lite.h  khash.h     malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS  utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
 #include <zlib.h>
              ^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$

Я не уверен, как справиться с этой ошибкой. Можете ли вы, ребята, дать какое-либо представление о том, что нужно сделать?

Второй вопрос, который у меня есть, касается следующих шагов в инструкциях, предоставленных на сайте Корнелла. Там написано:

«Добавьте bwa в PATH, отредактировав ~/.bashrc и добавив

export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"

Я нашел .bashrc в своем домашнем каталоге (я могу просмотреть его, используя ls -a в командной строке или используя ctrl+h в проводнике). Я не уверен, как отредактировать файл, чтобы включить соответствующую строку кода, т. е. мне просто вставить ее в любое место этого файла?

Я интерпретировал их указания так, что мне следует добавить что-то вроде

export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a

Но я не уверен, что это правильно.

Я установил гораздо более раннюю версию (0.5) с помощью следующей команды.

get-apt install bwa

но я не хочу использовать устаревшую версию этой программы.

Буду очень признателен за любую помощь, которую вы мне сможете оказать.

Спасибо,

ОС хост-машины: Windows 7 Home Premium (64 бит) (Service Pack 1)
Программное обеспечение виртуальной машины: Oracle VirtualBox версии 4.3.12
ОС гостевой машины: Ubuntu 14.02 (32 бит (мне не удалось заставить работать 64 бит)

решение1

Похоже, у вас отсутствуют заголовочные файлы ZLIB.

Пытаться:

sudo apt-get install zlib1g-dev

Или, может быть:

sudo apt-get install zlib-dev

Первый вариант должен быть правильным, но у меня нет машины с Ubuntu, чтобы проверить его.

Надеюсь, это решит вашу проблему!

РЕДАКТИРОВАТЬ
Создал Ubuntu VM и проверил этоsudo apt-get install zlib1g-devправильная команда.

Связанный контент