В PyMOL есть плагин под названием APBS tool (http://www.pymolwiki.org/index.php/Apbsplugin), для которого требуются три различных входных файла:
- Двоичный файл APBS (apbs.exe)
- Файл APBS psize.py
- Файл PDB2PQR pdb2pqr.py
Я установил APBS и в моем каталоге C:\APBS есть apbs.exe и psize.py. Проблема в PDB2PQR, я скачалhttp://sourceforge.net/projects/pdb2pqr/files/latest/download(версия 2.0.0 для 64-разрядной Windows) извлек его содержимое и не смог найти файл pdb2pqr.py в извлеченном каталоге. Я также попытался загрузить tarball pdb2pqr 1.8.0 (.tar.gz) и извлечь его содержимое, так как мне сообщили в списке рассылки пользователей PyMOL, что он должен содержать файл pdb2pqr.py и может быть более совместим с PyMOL. Но этот tarball является исходным кодом и должен быть скомпилирован, что, насколько мне известно, невозможно в Windows 7.
решение1
http://www.poissonboltzmann.org/
Это был бы ваш самый продуктивный метод получить ваш ответ в чате с их разделом технической помощи и поддержки. Что касается компиляции в Windows 7, да, это возможно, пока у вас есть ПОЛНЫЙ исходный код и файл процедуры компиляции.
Вы можете столкнуться со сбоем в программном обеспечении из-за того, что Windows 7 НЕ принимает неподписанные драйверы, а также из-за того, что вы устанавливаете ПО в корневой каталог, что является плохой идеей, поскольку в Win 7, 8 и т. д. предусмотрены блокировки для устаревших установок в корневом каталоге.
Лично я бы рассмотрел возможность внесения изменений в установку и посмотрел, сможете ли вы установить его в основной каталог Program Files или Program Files x86, если это 32-разрядное программное обеспечение.
Вам может потребоваться изменить функции безопасности дисков, чтобы разрешить установку. Перед продолжением прочтите примечания Microsoft по этому поводу и дважды проверьте любой код перед компиляцией. Если это система на базе сервера Linux / Unix, то виртуальная двойная установка сервера Ubuntu может оказаться для вас полезной.
Это общая информация, так как я не знаю об использовании или файловой системе, о которой идет речь, и ее следует воспринимать как совет. Если вы сомневаетесь, обратитесь к производителю и получите его помощь, которая всегда должна быть вашим первым портом вызова.