У меня настроено правильно синхронизировать такие вещи, как статус чтения, обратно на сервер, но удаление ничего не делает. Здесь есть некоторое объяснение этого:
https://groups.google.com/forum/#!topic/supmua/cG4L6r7MQME
Но я не нашел более конкретного примера. Поскольку sup не может редактировать папки или метки на сервере (я думаю), это может быть то, что offlineimap должен будет обработать?