☰

Bash - сортировка не по первому символу

tag-icon • tag-icon bash sorting
Bash - сортировка не по первому символу

Я хочу отсортировать свой файл по первому столбцу, но мне нужно начать сортировку с 5 символа. Как мне это сделать?

Мой файл:

"TTTTCTTACA"            1       1
"TTTTCTTACC"                    1
"TTTTCTTACT"    1       1
"TTTTCTTAGC"    1
"TTTTCTTATT"                    2
"TTTTCTTCAA"    1               1       1
"TTTTCTTCAG"    1               2       1
"TTTTCTTCAT"            1       2       2
"TTTTCTTCCT"                            2
"TTTTCTTCGG"                    2       2
"TTTTCTTCTA"                            1
"TTTTCTTCTG"            1
"TTTTCTTCTT"    1                       2
"TTTTCTTGAA"            1
"TTTTCTTGCT"    1               1       1
"TTTTCTTTAA"    1
"TTTTCTTTAG"            1       1
"TTTTCTTTCT"    1
"TTTTCTTTGC"    1
"TTTTCTTTGG"            1       1
"TTTTCTTTGT"    1       1       2       1
"TTTTCTTTTA"    1

Я пытался:

sort -k1,1 file | uniq -s 6 -w 5

Конечно, это не работает. Может быть, сортировка имеет какие-то флаги, но я их не нашел. У вас есть какие-то идеи?

решение1

вкратце

sort -k1.5 file | uniq -s 6 -w 5


Объяснение

Моя сортировка — GNU coreutils 8.22. Страница руководства для моей сортировки показывает:

KEYDEF is F[.C][OPTS][,F[.C][OPTS]] for start and stop position, where F is a field number and  C
       a  character  position  in  the  field;  both are origin 1, and the stop position defaults to the
       line's end.

Таким образом, в вашей текущей команде сортировки sort -k1,1 fileв качестве сортировки используются слова от первого до первого.

То, что вам нужно (по крайней мере, для команды сортировки):

sort -k1.5 file | uniq -s 6 -w 5

Будет использован пятый символ первого слова, что и требовалось.

решение2

$sort -k2 файл

"TTTTCTTCTA"                            1
"TTTTCTTCCT"                            2
"TTTTCTTACC"                    1
"TTTTCTTATT"                    2
"TTTTCTTCGG"                    2       2
"TTTTCTTCTG"            1
"TTTTCTTGAA"            1
"TTTTCTTACA"            1       1
"TTTTCTTTAG"            1       1
"TTTTCTTTGG"            1       1
"TTTTCTTCAT"            1       2       2
"TTTTCTTAGC"    1
"TTTTCTTTAA"    1
"TTTTCTTTCT"    1
"TTTTCTTTGC"    1
"TTTTCTTTTA"    1
"TTTTCTTCTT"    1                       2
"TTTTCTTCAA"    1               1       1
"TTTTCTTGCT"    1               1       1
"TTTTCTTCAG"    1               2       1
"TTTTCTTACT"    1       1
"TTTTCTTTGT"    1       1       2       1

$sort -k2 файл | uniq -f 1

"TTTTCTTCTA"                            1
"TTTTCTTCCT"                            2
"TTTTCTTACC"                    1
"TTTTCTTATT"                    2
"TTTTCTTCGG"                    2       2
"TTTTCTTCTG"            1
"TTTTCTTACA"            1       1
"TTTTCTTCAT"            1       2       2
"TTTTCTTAGC"    1
"TTTTCTTCTT"    1                       2
"TTTTCTTCAA"    1               1       1
"TTTTCTTCAG"    1               2       1
"TTTTCTTACT"    1       1
"TTTTCTTTGT"    1       1       2       1

Связанный контент