Мне нужно загрузить кучу данных (fastq) из базы данных ENA.
Example: ERS076383 ERS012262 ERS160574 ERS349280 etc
Link to download via browser:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt
Теперь я бы заменил ссылки accession= по одной, чтобы загрузить соответствующий txt, а затем использовал бы wget для загрузки каждой ftp-ссылки, связанной с fastq. Но я не могу загрузить ее с помощью wget.
i tried:
wget https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt
[1] 61380
[2] 61381
[3] 61382
Redirecting output to 'wget-log'....
но это не работает.
решение1
Вам необходимо заключить URL в кавычки, например так:
wget 'https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt'
или экранируйте амперсанды ( \&
).