Ниже awk
я пытаюсь извлечь значение RSTRING
на основе того, где найдено значение другой переменной $VCF
в file
. Значение $VCF
уже извлечено, и RSTRING
в настоящее время все строки начинаются с R_2019
. Я пытаюсь получить RSTRING
установку на основе того, где $VCF
был найден. Спасибо :).
файл
xxx_0000 19-0004-La-Fi
xxx_0001 19-0005-Last-Firs
xxx_0003 19-0008-LastN-FirstN
xxx_0005 190320-Control
R_2019_00_00_xxxx-000-v5.6_xxxxx
xxx_0007 19-0000-LastName-FirstName
xxx_0009 19-0001-Las-Fir
xxx_0011 190319-Control
R_2019_00_00_xxxx-00-v5.6_xxxxx
Если$VCF=19-0008-LastN-FirstN
желанный
RSTRING=R_2019_00_00_xxxx-000-v5.6_xxxxx
Если$VCF=19-0008-Las-Fir
желанный
RSTRING=R_2019_00_00_xxxx-00-v5.6_xxxxx
awk
awk -v ref="$VCF" 'match($0, ref) {print "$RSTRING"}' file
решение1
Два варианта:
считывая файл построчно, устанавливаем логический флаг, когда находим VCF, а затем печатаемследующийСТРОКА:
awk -v ref="$VCF" ' $0 ~ ref {have_vcf = 1} have_vcf && /^R_2019/ {print; have_vcf = 0} ' file
читать файл по абзацам. Если текущая запись содержит VCF, вывести последнее поле записи:
awk -F '\n' -v RS="" -v ref="$VCF" '$0 ~ ref {print $NF}' file