Я использую общую папку внутри гостевой VirtualBox. И хост, и гостевая — Debian. VirtualBox изменяет права доступа к папкам из-за каких-то соображений безопасности, я полагаю. Вот почему все мои папки git отображают «изменение режима файла», когда я запускаю git status.
Как запретить VirtualBox изменять разрешения для общей папки и монтировать общую папку так, как если бы она была смонтирована через SSHFS, чтобы можно было и дальше использовать файлы без изменения разрешений, и создавать символические ссылки?