Я пытаюсь установить пакет, включающий "bzlib.h", чтобы я мог установить программное обеспечение "AmberTools14"/"Amber14" в моем домашнем каталоге на удаленном сервере, но поскольку у меня нет прав root, я не могу использовать команду yum install bzip2-devel-1.0.5-7.el6_0.x86_64для установки этого пакета. Какой самый простой способ установить этот пакет и сделать его доступным, когда я пытаюсь скомпилировать/установить Amber14 с помощью компиляторов Intel?
Я не очень хорошо знаком с тем, как работает компиляция программного обеспечения или для чего вообще нужны пакеты, поэтому не уверен, возможно ли или имеет ли смысл просто скачать файл rpm по этой ссылке (https://centos.pkgs.org/6/centos-x86_64/bzip2-devel-1.0.5-7.el6_0.x86_64.rpm.html) и затем, используя программу WinSCP в Windows, я мог бы перенести его в свой домашний каталог на удаленном сервере, установить файл rpm каким-то образом, чтобы файл "bzlib.h" был установлен, а затем, когда я компилирую/устанавливаю Amber14, я мог бы указать путь, где был установлен bzlib.h в моем домашнем каталоге, чтобы он мог его найти? Имеет ли это вообще смысл? И если да, то как мне установить файл rpm после того, как я перенес его с помощью WinSCP на удаленный сервер?
Я выполнил несколько команд, чтобы узнать некоторую информацию о системе. Возможно, это будет полезно?
Команда: uname -s
Вывод: Linux
Команда: uname -r
Вывод: 2.6.32-696.23.1.el6.centos.plus.x86_64
Команда: uname -v
Вывод: #1 SMP Ср Мар 14 11:51:06 UTC 2018
Команда: uname -m
Вывод: x86_64
Команда: uname -p
Вывод: x86_64
Команда: uname -i
Вывод: x86_64
Команда: uname -o
Вывод: GNU/Linux
Команда: gcc --version
Вывод: gcc (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-18) Авторские права (C) 2010 Free Software Foundation, Inc. Это бесплатное программное обеспечение; см. источник для условий копирования. НЕТ НИКАКИХ гарантий; даже на ТОВАРНУЮ ПРИГОДНОСТЬ или ПРИГОДНОСТЬ ДЛЯ КОНКРЕТНОЙ ЦЕЛИ.
Команда: icc --version
Вывод: icc (ICC) 16.0.2 20160204 Авторские права (C) 1985-2016 Intel Corporation. Все права защищены.
Причина, по которой я хочу попробовать установить пакет "bzlib.h", заключается в том, что я пытался установить AmberTools14/Amber14 в соответствии с инструкциями по этой ссылке (http://jswails.wikidot.com/installing-amber14-and-ambertools14) за исключением того, что я использовал команду ./configure intelвместо ./configure gnu, но я получил следующую ошибку:
Проверка libbz2: testp.c(2): катастрофическая ошибка: невозможно открыть
исходный файл "bzlib.h"
#include "bzlib.h"
^
компиляция testp.c прервана (код 4)
./configure2: строка 2079: ./testp: Такого файла или каталога нет
Не найдено.
Поэтому я думаю, что моя установка программного обеспечения Amber14 завершилась какими-то проблемами, и, возможно, отсутствие bzlib.h может быть одной из причин, по которой я не могу использовать некоторые части программного обеспечения.
Кроме того, поскольку я думаю, что использую Centos 6, по этой ссылке можно найти инструкции по установке пакетов Amber (http://ambermd.org/Installation.php), мне было интересно, может ли кто-нибудь дать мне совет о том, как мне следовать инструкциям ниже, чтобы установить все эти пакеты без доступа root или с помощью «yum».
CentOS 6 Установка Amber на узел CentOS 6 Linux немного сложна, поскольку компилятор GNU по умолчанию теперь слишком устарел для компиляции исходного кода. Рекомендуемая процедура — установить более новую версию с помощью набора программного обеспечения Developer Toolset (devtoolset).
yum -y install tcsh make \ which flex bison patch bc \ libXt-devel libXext-devel \ perl util-linux wget bzip2 \ bzip2-devel zlib-devel
# обновите gcc до более новой версии yum -y install centos-release-scl yum -y install devtoolset-8 затем в терминале получите доступ к более новой версии компилятора GNU с помощью:
источник /opt/rh/devtoolset-8/enable
Я видел комментарий по этой ссылке (https://askubuntu.com/questions/339/how-can-i-install-a-package-without-root-access) об установке программы под названием "JuJu", и, возможно, это поможет мне установить все необходимые пакеты, но я совсем запутался в том, как это работает и как это установить, поскольку я до сих пор не понимаю значения терминов ядро/дистрибутив/пакет/библиотека/компилятор/rpm/зависимости/репозиторий/среда и как они точно связаны, поэтому, если кто-то сможет это объяснить, я буду очень признателен!