Думаю, вопрос просто из любопытства - в диспетчере задач некоторые файлы находятся в C:\WINDOWS\System32, а некоторые в C:\Windows\System32.
Почему произошла смена регистра?
решение1
Windows обычно не учитывает регистр имен папок и файлов.
Определенно нет для System32, так что это не повод для беспокойства или тревоги.
Пользователь или Приложение могут изменить регистр.
Просто продолжай.