☰

Я хочу извлечь информацию из текстового файла и сохранить ее в отдельном файле.

tag-icon • tag-icon text-processing awk
Я хочу извлечь информацию из текстового файла и сохранить ее в отдельном файле.

Я хочу извлечь информацию из своего файла и сохранить ее в отдельном файле.

Входной файл выглядит так:

>Feature NODE_18_1000_cov_1.366138
1 888 CDS
   db_xref COG:COG3385
   inference ab initio prediction:Prodigal:2.6
   inference similar to AA sequence:ISfinder:ISPg4
   locus_tag LFHBJEGH_33517
   product IS4 family transposase ISPg4
>Feature NODE_18222_1000_cov_1.310053
665 330 CDS
   inference ab initio prediction:Prodigal:2.6
   locus_tag LFHBJEGH_33518
   product hypothetical protein
962 675 CDS
   inference ab initio prediction:Prodigal:2.6
   locus_tag LFHBJEGH_335
   product hypothetical protein
>Feature NODE_18194_1000_cov_2.550265
939 187 CDS
   EC_number 1.14.99.46
   db_xref COG:COG2141
   gene rutA_3
   inference ab initio prediction:Prodigal:2.6
   inference similar to AA sequence:UniProtKB:P75898
   locus_tag LFHBJEGH_33480
   product Pyrimidine monooxygenase RutA

Я хочу сопоставить идентификатор узла (имя после ">") с "locus_tag".
Нужный мне вывод выглядит так:

Feature NODE_18_1000_cov_1.366138 LFHBJEGH_33517
Feature NODE_18222_1000_cov_1.310053 LFHBJEGH_33518
Feature NODE_18222_1000_cov_1.310053 LFHBJEGH_335
Feature NODE_18194_1000_cov_2.550265 LFHBJEGH_33480

Какая команда подойдет для этого?

решение1

с awk:

awk '/>Feature NODE_/{ nodeId=$0; next } /locus_tag/{ print nodeId, $2 }' infile

Связанный контент