☰

Как заменить часть имени файла данными из stdin?

tag-icon • tag-icon bash shell-script pipe io-redirection filenames
Как заменить часть имени файла данными из stdin?

Допустим, у меня есть файл ids.txtс несколькими записями, например

foo
bar
bam
...

например. Я хотел бы использовать это как входные данные для запуска команды для некоторых файлов, содержащих идентификаторы в имени файла, например foo_1.gz, foo_2.gz, bar_1.gz, bar_2.gz, , ... и так далее.

Я попытался сослаться на ввод с помощью, {}как я видел, это работает с другой командой, вот так:

cat ids.txt | xargs my.command --input1 {}_1.gz --input2 {}_2.gz

но он всегда выдает мне эту ошибку:

{}_1.gz no such file or directory

Есть ли способ обрабатывать входные данные catкак строки символов и автоматически вставлять их в имена входных файлов для my.command?

Проблема также в том, что my.commandкаждый раз требуются два входных файла, поэтому я не могу просто использовать список с реальными именами файлов вместо ids.txt.

решение1

Вам необходимо использовать -Iопцию здесь:

$ cat ids.txt | xargs -I{} echo my.command --input1 {}_1.gz --input2 {}_2.gz 
my.command --input1 foo_1.gz --input2 foo_2.gz
my.command --input1 bar_1.gz --input2 bar_2.gz
my.command --input1 bam_1.gz --input2 bam_2.gz

В качестве альтернативы можно использовать цикл оболочки:

while read id; do 
    my.command --input1 "${id}"_1.gz --input2 "${id}"_2.gz
done < ids.txt

Это предполагает, что ваши идентификаторы не содержат пробелов или обратных косых черт. Если они есть, используйте это:

while IFS= read -r id; do 
    my.command --input1 "${id}"_1.gz --input2 "${id}"_2.gz
done < ids.txt

Наконец, вы также можете использовать список с двумя именами файлов в каждой строке:

$ cat ids.txt
foo_1.gz foo_2.gz
bar_1.gz bar_2.gz
bam_1.gz bam_2.gz

Сейчас:

while read file1 file2; do
    my.command --input1 "$file1" --input2 "$file2"
done < ids.txt

Связанный контент