Как выполнить одну команду для нескольких файлов, чтобы преобразовать формат файла?

Question

Я пытаюсь преобразовать формат файла из faв fqиспользуемый seqkitна терминале Linux. Команда проста, как показано ниже.

seqkit fq2fa Std_metabat2_bin.9_sub.fa -o Std_metabat2_bin.9_sub.fq -j 20 

Но у меня более 200 файлов ( faфайлов метагеномных бинов), и мне интересно, есть ли лучший способ, чем конвертировать по одному файлу за раз.

Answer 1

Одним из решений является использование forцикла для преобразования всех .faфайлов в каталоге:

for file in *.fa; do seqkit fq2fa "$file" -o $(basename "$file" .fa).fq -j 20; done