☰

Анализ таблицы текстового файла и агрегация информации

tag-icon • tag-icon sed awk perl
Анализ таблицы текстового файла и агрегация информации

У меня есть длинный текстовый файл со следующими столбцами, разделенными пробелами:

Id            Pos Ref  Var  Cn   SF:R1   SR  He  Ho NC       
cm|371443199  22  G     A    R   Pass:8   0   1  0  0       
cm|371443199  25  C     A    M   Pass:13  0   0  1  0
cm|371443199  22  G     A    R   Pass:8   0   1  0  0        
cm|367079424  17  C     G    S   Pass:19  0   0  1  0      
cm|371443198  17  G     A    R   Pass:18  0   1  0  0       
cm|367079424  17  G     A    R   Pass:18  0   0  1  0

Я хочу создать таблицу, в которой будут перечислены все уникальные идентификаторы вместе с подсчетами для:

  • Сколько раз встречалось это идентификатор?
  • Сколько из этих рядов прошли (столбец 6)
  • Сколько имели Heзначение (столбец 8)
  • Сколько имели Hoзначение (столбец 9)

В этом случае:

Id            CountId  Countpass   CountHe CountHO
cm|371443199   3        3          2        1
cm|367079424   2        2          0        2

Как мне создать эту таблицу?

решение1

Один из способов использования perlпредположения, что infileесть содержание вашего вопроса (идентификаторы не обязательно будут в том же порядке в выводе, поскольку я использую хеш для их сохранения):

Содержание script.pl:

use strict;
use warnings;

my (%data);

while ( <> ) { 

    ## Omit header.
    next if $. == 1;

    ## Remove last '\n'.
    chomp;

    ## Split line in spaces.
    my @f = split;

    ## If this ID exists, get previously values and add values of this
    ## line to them. Otherwise, begin to count now.
    my @counts = exists $data{ $f[0] } ? @{ $data{ $f[0] } } : (); 
    $counts[0]++;
    $counts[1]++ if substr( $f[5], 0, 4 ) eq q|Pass|;
    $counts[2] += $f[7];
    $counts[3] += $f[8];
    splice @{ $data{ $f[0] } }, 0, @{ $data{ $f[0] } }, @counts; 
}

## Format output.
my $print_format = qq|%-15s %-10s %-12s %-10s %-10s\n|;

## Print header.
printf $print_format, qw|Id CountId CountPass CountHe CountHo|;

## For every ID saved in the hash print acumulated values.
for my $id ( keys %data ) { 
    printf $print_format, $id, @{ $data{ $id } };
}

Запустите его так:

perl script.pl infile

Со следующим выводом:

Id              CountId    CountPass    CountHe    CountHo   
cm|371443198    1          1            1          0         
cm|371443199    3          3            2          1         
cm|367079424    2          2            0          2

решение2

Вот решение, в awkкотором используются 4 массива для подсчета 4 необходимых вам фрагментов информации. awkЗатем вывод из подается в column, который аккуратно выравнивает столбцы. (Обратите внимание, что это также можно было сделать с awkпомощью printf.)

awk 'NR>1 {
    id[$1]++
    if($6 ~ /Pass/) pass[$1]++
    if($8 ~ /1/) he[$1]++
    if($9 ~ /1/) ho[$1]++
} 
END {
   print "Id CountId Countpass CountHe CountHO"
   for(i in id)
      print i" "id[i]" "(pass[i]?pass[i]:0)" "(he[i]?he[i]:0)" "(ho[i]?ho[i]:0)
}' input.txt | column -t

Выход:

Id            CountId  Countpass  CountHe  CountHO
cm|371443198  1        1          1        0
cm|371443199  3        3          2        1
cm|367079424  2        2          0        2

Связанный контент