☰

подрисунки с использованием subfloatrow, overpic, tikz для добавления строк для аннотирования импортированных изображений/рисунков

tag-icon • tag-icon tikz-pgf subfloats subcaption floatrow overpic
подрисунки с использованием subfloatrow, overpic, tikz для добавления строк для аннотирования импортированных изображений/рисунков

Я провел свой старательный поиск комбинации subfloatrow, overpicи добавления стрелок для аннотации импортированных изображений с помощью tikz, но не смог найти ни одной. Такого рода изображения обычно встречаются в области биологии, они могут быть для вестерн-блоттинга или гель-электрофореза и т. д. Идея всегда одна и та же: получить несколько изображений, аннотированных текстом (courier хорошо подходит здесь), и часто, с элегантными, но простыми стрелками, указывающими на определенную полосу или интересующую точку на изображении.

Рекомендуется, если вы не сообщите о лучшем!

  • overpic: очень хорошее решение для такого рода текстовых аннотаций
  • floatrow: AFIK — лучший инструмент для обработки подэлементов (рисунков и таблиц), а также подзаголовков и многих других функций.
  • mdframed: многофункциональный пакет для управления кадрами
  • tikz: пакет без комментариев для рисования стрелок и фигур (фанат tikz!)

Пожалуйста, ИЗБЕГАЙТЕ этого в своем ответе.

  • subfig: устаревший
  • subfigure: поддерживается не поддерживается
  • subcaption: хорошо, но его руководство направляет вас к лучшему, а именно к среде subfloatrow floatrowдля более сложных подплавающих объектов

Что нужно сейчас?

  • добавление стрелок хотя бы к одной из этих подрисунков в минимальном рабочем примере (MWE), горизонтальных, слева направо и в противоположном направлении. Пожалуйста, предоставьтеродственникизмерения для точной настройки положения стрелки. Различные, элегантные стрелки tikz приветствуются, я забыл упомянуть элегантность здесь?

  • Управление расстоянием между этими изображениями (в данном случае его увеличение)

  • Ссылаясь на подрисунки в подписи к основному рисунку

Кодекс МВЭ

\documentclass[12pt]{scrartcl} % KOMA script
\usepackage{courier} % courier font for text annotation
\usepackage[labelsep=period]{caption} % for appearance of captions not placings
\usepackage{subcaption} % incompatible with subfig, or subfigure (obsolete)
\usepackage[demo]{graphicx} % for graphcis, demo to provide image placeholders
\usepackage{xcolor} % colors
\usepackage[framemethod=tikz]{mdframed} % for frames, load xcolor before!
\usepackage{tikz} % drawing arrows and graphics
\usetikzlibrary{arrows} % arrow library for tikz
\usepackage{floatrow} % has the subfloatrow environment for subfloats   
\usepackage[percent]{overpic} % for text annotation over imported pictures
\begin{document}
\begin{figure}
\begin{mdframed}[align=center,linecolor=black,fontcolor=black,backgroundcolor=white,userdefinedwidth=0.9\textwidth,roundcorner=5pt,skipabove=10pt,skipbelow=10pt,leftmargin=0pt,innertopmargin=100pt,innerbottommargin=0pt, innerleftmargin=50pt,innerrightmargin=20pt, innerlinewidth=0pt, middlelinewidth=0pt,outerlinewidth=1pt] % change the innertopmargin for labels
\floatsetup[subfigure]{captionskip=10pt} 
\ffigbox { %
  \begin{subfloatrow}[3]% number of subfigures are 3, 2 by default
    \ffigbox{
    \begin{overpic}[grid,tics=15]{image1} % remove the grid, tics argument later on
    \put (-30,0) {$ \beta $-actin}
    \put(1,67){\rotatebox{90}{\texttt{Lane1: geneA}}}
    \put(15,67){\rotatebox{90}{\texttt{Lane2: geneB}}}
    \put(30,67){\rotatebox{90}{\texttt{Lane3: geneC}}}
    \end{overpic}
       }{\subcaption{subcap1}}
    \ffigbox{\includegraphics{image2}}{\subcaption{subcap2}} % you can do the same as image 1 with overpic
    \ffigbox{\includegraphics{image3}}{\subcaption{subcap3}} % you can do the same as image 1 with overpic
  \end{subfloatrow}  
}{\caption{A Minimal Working Example}}
\end{mdframed}
\end{figure}

Который дает

МВЭ

решение1

Основная идея заключается в использовании TikZ для размещения изображений внутри узлов с именами; это даст вам контроль над позиционированием, а также позволит размещать стрелки.

Требование перекрестных ссылок можно выполнить, просто используя механизм \label, \ref.

Некоторые пояснения

Я решил вообще не использовать overpic. Сетку и размещение меток можно сделать полностью через TikZ; в следующем примере я использовалКарамдир'песокДжейкответы наРисование на изображении с помощью TikZи определили \mygridкоманду для размещения маркированной сетки на каждом изображении; обязательным аргументом \mygridявляется имя узла, используемого для хранения изображения:

\documentclass[12pt]{scrartcl}
\usepackage{courier}
\usepackage[labelsep=period]{caption}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[framemethod=tikz]{mdframed}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{arrows,positioning}
\usepackage{floatrow}

\newcommand\mygrid[1]{%
  \begin{scope}[x={(#1.south east)},y={(#1.north west)}]
  \draw[help lines,xstep=.1,ystep=.1] (0,0) grid (1,1);
  \foreach \x in {0,1,...,10} { \node [anchor=north,font=\tiny] at (\x/10,0) {\x}; }
  \foreach \y in {0,1,...,10} { \node [anchor=east,font=\tiny] at (0,\y/10) {\y}; }
  \end{scope}%
}

\begin{document}

\begin{figure}
\begin{mdframed}[
  align=center,
  linecolor=black,
  fontcolor=black,
  backgroundcolor=white,
  %userdefinedwidth=0.9\textwidth,
  roundcorner=5pt,
  skipabove=10pt,
  skipbelow=10pt,
  leftmargin=0pt,
  innertopmargin=100pt,
  innerbottommargin=0pt, 
  innerlinewidth=0pt,
  middlelinewidth=0pt,
  outerlinewidth=1pt
]
\floatsetup[subfigure]{captionskip=10pt}
\ffigbox{%
\begin{subfloatrow}[3]
  \ffigbox{%
  \begin{tikzpicture}[remember picture]
  \node[anchor=south west,inner sep=0] (image1) 
    {\includegraphics[width=3.8cm]{ctanlion}};
  \mygrid{image1}
  \end{tikzpicture}
  }%
  {\subcaption{subcap1}\label{sfig:a}}%
  \ffigbox{%
  \begin{tikzpicture}[remember picture]
    \node[anchor=south west,inner sep=0] (image2)  
      {\includegraphics[width=3.8cm]{ctanlion}};
  \mygrid{image2}
  \end{tikzpicture}
  }%
  {\subcaption{subcap2}\label{sfig:b}}
  \ffigbox{%
  \begin{tikzpicture}[remember picture]
  \node[anchor=south west,inner sep=0] (image3) 
    {\includegraphics[width=3.8cm,height=2cm]{ctanlion}};
  \mygrid{image3}
  \end{tikzpicture}
  }%
  {\subcaption{subcap3}\label{sfig:c}}
\end{subfloatrow}  
}{\caption{A Minimal Working Example with three subfigures:~\ref{sfig:a}, \ref{sfig:b} and~\ref{sfig:c}}}
\end{mdframed}
\end{figure}

\end{document}

Это производит:

введите описание изображения здесь

Теперь с помощью сеток мы можем нарисовать несколько стрелок и разместить метки:

\documentclass[12pt]{scrartcl}
\usepackage{courier}
\usepackage[labelsep=period]{caption}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[framemethod=tikz]{mdframed}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{arrows,positioning}
\usepackage{floatrow}

\newcommand\mygrid[1]{%
  \begin{scope}[x={(#1.south east)},y={(#1.north west)}]
  \draw[help lines,xstep=.1,ystep=.1] (0,0) grid (1,1);
  \foreach \x in {0,1,...,10} { \node [anchor=north,font=\tiny] at (\x/10,0) {\x}; }
  \foreach \y in {0,1,...,10} { \node [anchor=east,font=\tiny] at (0,\y/10) {\y}; }
  \end{scope}%
}

\begin{document}

\begin{figure}
\begin{mdframed}[
  align=center,
  linecolor=black,
  fontcolor=black,
  backgroundcolor=white,
  %userdefinedwidth=0.9\textwidth,
  roundcorner=5pt,
  skipabove=10pt,
  skipbelow=10pt,
  leftmargin=0pt,
  innertopmargin=100pt,
  innerbottommargin=0pt, 
  innerlinewidth=0pt,
  middlelinewidth=0pt,
  outerlinewidth=1pt
]
\floatsetup[subfigure]{captionskip=10pt}
\ffigbox{%
\begin{subfloatrow}[3]
  \ffigbox{%
  \begin{tikzpicture}[remember picture]
  \node[anchor=south west,inner sep=0] (image1) 
    {\includegraphics[width=3.8cm]{ctanlion}};
  \mygrid{image1}
  \end{tikzpicture}
  }%
  {\subcaption{subcap1}\label{sfig:a}}%
  \ffigbox{%
  \begin{tikzpicture}[remember picture]
    \node[anchor=south west,inner sep=0] (image2)  
      {\includegraphics[width=3.8cm]{ctanlion}};
  \mygrid{image2}
  \end{tikzpicture}
  }%
  {\subcaption{subcap2}\label{sfig:b}}
  \ffigbox{%
  \begin{tikzpicture}[remember picture]
  \node[anchor=south west,inner sep=0] (image3) 
    {\includegraphics[width=3.8cm,height=2cm]{ctanlion}};
  \mygrid{image3}
  \end{tikzpicture}
  }%
  {\subcaption{subcap3}\label{sfig:c}}
\end{subfloatrow}  
}{\caption{A Minimal Working Example with three subfigures:~\ref{sfig:a}, \ref{sfig:b} and~\ref{sfig:c}}}
\end{mdframed}
\end{figure}

\begin{tikzpicture}[remember picture,overlay]
% Some arrows
\draw[->,line width=1.5pt,cyan!80!black,dashed] 
  ([yshift=-40pt,xshift=20pt]image2.north) |- +(0,80pt) -|
  ([yshift=-40pt,xshift=20pt]image3.north);
\draw[->,line width=1.5pt,orange!80!black] 
  ([yshift=-10pt,xshift=20pt]image2.west) |- 
  ([yshift=-10pt,xshift=20pt]image3.west);
\draw[->,line width=1.5pt,red!80!black] 
  ([xshift=20pt]image1.west) |- +(0,70pt) -| 
  ([yshift=20pt,xshift=30pt]image3.west);
\draw[->,line width=1.5pt,green!80!black,dashed] 
  ([yshift=20pt,xshift=-43pt]image1.east) |- +(0,-73pt) -|
  ([yshift=-15pt,xshift=-15pt]image3.east);
% Some labels
\node[anchor=north west,rotate=90,font=\ttfamily] 
  at (image1.north west) {Lane1: geneA};
\node[anchor=north west,rotate=90,font=\ttfamily,yshift=-15pt] 
  at (image1.north west) {Lane2: geneB};
\node[anchor=north west,rotate=90,font=\ttfamily,yshift=-30pt] 
  at (image1.north west) {Lane3: geneC};\end{tikzpicture}

\end{document}

введите описание изображения здесь

После комментирования трех \mygrid{...}строк получим:

введите описание изображения здесь

Если общая подпись должна располагаться за пределами рамки, можно оставить пустым соответствующий аргумент (в данном случае второй аргумент внешнего \ffigbox), а затем использовать\RawCaption снаружиокружение mdframed. Однако для сохранения синхронности figureсчетчик придется вручную увеличивать в начале (это не обязательно, если подпись идет перед объектом):

\documentclass[12pt]{scrartcl}
\usepackage{courier}
\usepackage[labelsep=period]{caption}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[framemethod=tikz]{mdframed}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{arrows,positioning}
\usepackage{floatrow}

\newcommand\mygrid[1]{%
  \begin{scope}[x={(#1.south east)},y={(#1.north west)}]
  \draw[help lines,xstep=.1,ystep=.1] (0,0) grid (1,1);
  \foreach \x in {0,1,...,10} { \node [inner ysep=0pt,anchor=north,font=\tiny] at (\x/10,0) {\x}; }
  \foreach \y in {0,1,...,10} { \node [inner ysep=0pt,anchor=east,font=\tiny] at (0,\y/10) {\y}; }
  \end{scope}%
}

\begin{document}
\floatsetup[figure]{style=plain,capposition=bottom}
\begin{figure}
\begin{mdframed}[
  align=center,
  linecolor=black,
  fontcolor=black,
  backgroundcolor=white,
  %userdefinedwidth=0.9\textwidth,
  roundcorner=5pt,
  skipabove=10pt,
  skipbelow=10pt,
  leftmargin=0pt,
  innertopmargin=100pt,
  innerbottommargin=0pt, 
  innerlinewidth=0pt,
  middlelinewidth=0pt,
  outerlinewidth=1pt
]
\floatsetup[subfigure]{captionskip=10pt}
\ffigbox{%
\stepcounter{figure}
\begin{subfloatrow}[3]
  \ffigbox{%
  \begin{tikzpicture}[remember picture]
  \node[anchor=south west,inner sep=0] (image1) 
    {\includegraphics[width=3.8cm]{ctanlion}};
  %\mygrid{image1}
  \end{tikzpicture}
  }%
  {\subcaption{subcap1}\label{sfig:a}}%
  \ffigbox{%
  \begin{tikzpicture}[remember picture]
    \node[anchor=south west,inner sep=0] (image2)  
      {\includegraphics[width=3.8cm]{ctanlion}};
  %\mygrid{image2}
  \end{tikzpicture}
  }%
  {\subcaption{subcap2}\label{sfig:b}}
  \ffigbox{%
  \begin{tikzpicture}[remember picture]
  \node[anchor=south west,inner sep=0] (image3) 
    {\includegraphics[width=3.8cm,height=2cm]{ctanlion}};
  %\mygrid{image3}
  \end{tikzpicture}
  }%
  {\subcaption{subcap3}\label{sfig:c}}
\end{subfloatrow}  
}{}% empty second argument; the caption goes outside the frame
\end{mdframed}
\RawCaption{\caption{A Minimal Working Example with three subfigures:~\ref{sfig:a}, \ref{sfig:b} and~\ref{sfig:c}}\label{test}}
\end{figure}

\begin{tikzpicture}[remember picture,overlay]
% Some arrows
\draw[->,line width=1.5pt,cyan!80!black,dashed] 
  ([yshift=-40pt,xshift=20pt]image2.north) |- +(0,80pt) -|
  ([yshift=-40pt,xshift=20pt]image3.north);
\draw[->,line width=1.5pt,orange!80!black] 
  ([yshift=-10pt,xshift=20pt]image2.west) |- 
  ([yshift=-10pt,xshift=20pt]image3.west);
\draw[->,line width=1.5pt,red!80!black] 
  ([xshift=20pt]image1.west) |- +(0,70pt) -| 
  ([yshift=20pt,xshift=30pt]image3.west);
\draw[->,line width=1.5pt,green!80!black,dashed] 
  ([yshift=20pt,xshift=-43pt]image1.east) |- +(0,-73pt) -|
  ([yshift=-15pt,xshift=-15pt]image3.east);
% Some labels
\node[anchor=north west,rotate=90,font=\ttfamily] 
  at (image1.north west) {Lane1: geneA};
\node[anchor=north west,rotate=90,font=\ttfamily,yshift=-15pt] 
  at (image1.north west) {Lane2: geneB};
\node[anchor=north west,rotate=90,font=\ttfamily,yshift=-30pt] 
  at (image1.north west) {Lane3: geneC};
\end{tikzpicture}

\end{document}

введите описание изображения здесь

Рисунок льва CTAN, автор Дуэйн Бибби.

решение2

С PSTricks и без subfigure(или его вариаций). Я использую две цифры просто для простоты, чтобы вы могли расширить их до 3 и более!

Обратите внимание, что в PSTricks можно выбрать множество соединительных линий, например, прямую линию, дугу, кривую и т. д.

введите описание изображения здесь

% filename is main.tex
% compile it with pdflatex -shell-escape main.tex
% ===============================================
\documentclass[pdf]{article}
\usepackage{pst-node}

\usepackage{graphicx}
\def\Scale{1.25}
\def\ShowGrid{top}

\newsavebox\IBox
\sbox\IBox{\includegraphics[scale=\Scale]{baby}}

\psset
{
    xunit=\dimexpr\wd\IBox/10,
    yunit=\dimexpr\ht\IBox/10,
}

\addtopsstyle{gridstyle}
{
    griddots=0,
    subgriddiv=2,
    gridwidth=0.2pt,
    subgridwidth=0.1pt,
    gridcolor=white,
    subgridcolor=cyan!50,
    gridlabels=4pt,
}

\def\SubFigLeft{%
\begin{pspicture}[showgrid=\ShowGrid](0,-1)(10,10)
    \rput[bl](0,0){\usebox\IBox}
    \pnode(4.2,4.8){Left}
\end{pspicture}}


\def\SubFigRight{%
\begin{pspicture}[showgrid=\ShowGrid](0,-1)(10,10)
    \rput[bl](0,0){\includegraphics[width=\wd\IBox]{adult}}
    \pnode(5.2,4.8){Right}
\end{pspicture}}


\begin{document}
Karl's student do not care about dashing patterns. Karl's students do not care about arrow tips. Karl' students, by the way, do not know what a transformation matrix is.
\begin{figure}[hbtp]
\centering
\begin{pspicture}[showgrid=false](0,-1)(21,10)
    \psframe[framearc=0.1,linecolor=orange,linewidth=2pt](-1,-2)(22,11)
    \rput[bl](0,-1){\SubFigLeft }
    \rput[bl](11,-1){\SubFigRight}
    \pcbar[linestyle=dashed,linecolor=magenta,linewidth=2pt,angle=90,arm=1]{->}(Left)(Right)
\end{pspicture}
\caption{The difference between angry and happy.}
\label{fig:Angry-Happy}
\end{figure}

Karl's student do not care about dashing patterns. Karl's students do not care about arrow tips. Karl' students, by the way, do not know what a transformation matrix is.
\begin{figure}[hbtp]
\centering
\def\ShowGrid{false}
\begin{pspicture}[showgrid=false](0,-1)(21,10)
    \psframe[framearc=0.1,linecolor=orange,linewidth=2pt](-1,-2)(22,11)
    \rput[bl](0,-1){\SubFigLeft}
    \rput[bl](11,-1){\SubFigRight}
    \rput(5,-1){(a) Angry}
    \rput(16,-1){(b) Happy}
    \pcarc[linestyle=dashed,linecolor=magenta,linewidth=2pt,angle=30]{->}(Left)(Right)
\end{pspicture}
\caption{The difference between angry and happy.}
\label{fig:Angry-Happy}
\end{figure}
\end{document}

Связанный контент