Я использую пакет texshade и столкнулся с проблемой, с которой, как я надеялся, кто-нибудь сможет помочь.
Я использую режим разнообразной штриховки для сравнения мутировавших последовательностей антител с их немутировавшим предшественником зародышевой линии. В последовательностях антител относительно зародышевой линии есть вставка. Если я представлю вставку как "-", это приведет к тому, что линейка пропустит позицию нумерации в этой точке. Кто-нибудь знает, как это можно исправить?
Заранее спасибо за вашу помощь.
Текс код:
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage{texshade}
\headheight=0pt
\headsep=0pt
\hoffset=0pt
\voffset=0pt
\paperwidth=8.27in
\paperheight=11.69in
\ifx\pdfoutput\undefined
\relax
\else
\pdfpagewidth=\paperwidth
\pdfpageheight=\paperheight
\fi
\oddsidemargin=-0.25in
\topmargin=0.3in
\textwidth=7in
\textheight=11.62in
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\newline
\begin{texshade}{aligned.heavy.fasta}
\setsize{features}{footnotesize}
\shadingmode{diverse}
\hidenumbering
\showruler{1}{top}
\setsize{ruler}{scriptsize}
\rulersteps{1}
\shownames{left}
\end{texshade}
\end{document}
И файлalign.heavy.fasta:
>germline_comparator
EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE-EEEEEEEEEEEEEEE
>seq1
EEEEQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
>seq2
EEEEQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
>seq3
EEEEQEEEEEEEEEEEEFEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
решение1
Вы можете добавить фиктивную последовательность во вторую строку без пробелов:
>Dummy
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
А затем используйте команды:
\showruler{2}{top}
\hideseq{2}
использовать его для нумерации и запретить его отображение. Это исправит нумерацию.