☰

Фильтрация файла по строке

tag-icon • tag-icon shell text-processing awk
Фильтрация файла по строке

У меня есть файл, который выглядит так

a   0   gene1   56  0   6S32M12S    *
b   256 gene2   56  0   6S32M12S    *
c   256 gene3   55  0   6S27M17S    *
d   16  gene4   110 9   19S25M6S    *
e   272 gene5   141 9   23S21M6S    *
f   272 gene6   139 9   24S20M6S    *
g   0   gene7   38  1   6S44M   *
h   256 gene8   38  1   6S44M   *
I   256 gene9   38  1   6S44M   *
j   256 gene10  40  1   8S42M   *

6-й столбец — это строка, по которой я хочу выполнить фильтрацию. В основном, если строка содержит совпадение, равное или большее 16S (например, 16S, 17S, 18S, 19S и больше), то сообщайте об этих строках. Как это сделать? Вывод для приведенного выше примера будет следующим:

c   256 gene3   55  0   6S27M17S    *
d   16  gene4   110 9   19S25M6S    *
e   272 gene5   141 9   23S21M6S    *
f   272 gene6   139 9   24S20M6S    *

Я только что показал вам небольшой фрагмент из большого файла.

решение1

perl -ane 'print if grep {$_ >= 16} ($F[5] =~ /(\d+)S/g)' file

выходы

c   256 gene3   55  0   6S27M17S    *
d   16  gene4   110 9   19S25M6S    *
e   272 gene5   141 9   23S21M6S    *
f   272 gene6   139 9   24S20M6S    *

Это находит все цифры, за которыми следует "S" в 6-м поле. Если какие-либо из них больше или равны 16, он печатает строку.

Ищите -nвperldoc perlrun

Один из крутых способов увидеть, что делает Perl с однострочным кодом, — это добавить опцию-MO=Deparse

$ perl -MO=Deparse -ane 'print if grep {$_ >= 16} ($F[5] =~ /(\d+)S/g)'
LINE: while (defined($_ = <ARGV>)) {
    our(@F) = split(' ', $_, 0);
    print $_ if grep {$_ >= 16;} $F[5] =~ /(\d+)S/g;
}
-e syntax OK

видеть
http://perldoc.perl.org/B/Deparse.html
http://perldoc.perl.org/O.html

Я объясню, расширив однострочную фразу до сценария:

#!/usr/bin/env perl
my $filename = shift @ARGV;
open my $fh, '<', $filename or die $!;
while (defined($_ = <$fh>)) {
    my @F = split(' ', $_, 0);
    my @s_numbers = $F[5] =~ /(\d+)S/g;
    if (grep {$_ >= 16;} @s_numbers) {
        print $_;
    }
}
close $fh;

решение2

Предположим, что второе Sтакже имеет значение:

awk '{
split ($6, nums, /S([0-9]+M)?/); 
for (i in nums) 
  if (nums[i] > 16) 
    { print; next }
}' test.txt

Связанный контент