\cleardoublepage
\pdfbookmark{\contentsname}{Contents} % shows appendix at page 12, but it links to page 11.
\tableofcontents
\section{AA}
\begin{enumerate}
\item BB\ref{apx:api} % points at page 11.
\end{enumerate}
\appendix
\section{Appendix} % starts at page 12. but page 11 is blank.
\label{apx:api}
\centerline{\includegraphics[page=1,scale=0.8]{api.pdf}}
\includepdf[pages={2-}, scale=0.8]{api.pdf}
Что касается приложения, то перед ним находится пустая страница (страница 11), и оба \refдокумента и оглавление ссылаются на эту пустую страницу (оглавление имеет правильный номер страницы — страница 12).
