Я пытаюсь установить модуль Python, вызываемый lxmlдля моей учетной записи, на суперкомпьютере под управлением RHEL.
Я делаюНЕТиметь права root или статус суперпользователя.
lxmlтребует версии dev/devel libxml2и libxslt, поскольку они включают файлы заголовков, которые lxmlнеобходимо собрать. Но суперкомпьютер имеет версии, не относящиеся к dev, установленные в его корневых /usrкаталогах, поэтому я установил версии dev в свой homeкаталог, собрав их из исходников.
Оба были созданы гладко, без каких-либо ошибок, и все необходимые заголовочные файлы находятся в $HOME/usr/local/include/libxml2/libxml, и т. д.
Однако всякий раз, когда я пытаюсь это сделать pip install lxml, он пытается использовать не-dev libxml2& libxsltв корне /bin:
[myusername@q0144 ~]$ pip install --install-option="--prefix=$HOME/python_modules" lxml
... (some unimportant messages) ...
Building against libxml2/libxslt in the following directory: /usr/local/lib
building 'lxml.etree' extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/usr/local/include -I/usr/local/include/libxml2 -I/tmp/pip_build_myusername/lxml/src/lxml/includes -I/N/soft/rhel6/python/2.7.3/include/python2.7 -c src/lxml/lxml.etree.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lxml/lxml.etree.o -w
In file included from src/lxml/lxml.etree.c:346:
/tmp/pip_build_myusername/lxml/src/lxml/includes/etree_defs.h:9:31: error: libxml/xmlversion.h: No such file or directory
/tmp/pip_build_myusername/lxml/src/lxml/includes/etree_defs.h:11:4: error: #error the development package of libxml2 (header files etc.) is not installed correctly
...(many more lines saying that the headers are missing, etc.)
И есть еще несколько десятков строк, говорящих о том, что пакеты разработки установлены неправильно, поскольку они просматривают не те пакеты.
Как мне заставить систему использовать установленные мной версии libxml2/ ?libxslt
Я даже сначала размещаю свои каталоги $HOME/bin, $HOME/usr, и т. д. в .cshrc.
Чтобы наверняка охватить все возможные варианты, я также попробовал выполнить сборку lxmlиз исходного кода, следуя инструкциям в build.txtдокументе, включенном в исходный tarball:
[myusername@q0144 lxml-3.3.5]$ python setup.py build_ext -i -I $HOME/usr/include/libxml2/libxml --without-cython --with-xslt-config=$HOME/usr/local/bin/xslt-config
Building lxml version 3.3.5.
Building without Cython.
Using build configuration of libxslt 1.1.28
Building against libxml2/libxslt in the following directory: /usr/local/lib
/N/soft/rhel6/python/2.7.3/lib/python2.7/distutils/dist.py:267: UserWarning: Unknown distribution option: 'bugtrack_url'
warnings.warn(msg)
running build_ext
building 'lxml.etree' extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/usr/local/include -I/usr/include/libxml2 -I/N/hd00/myusername/Quarry/python_modules/lxml-3.3.5/src/lxml/includes -I/N/u/myusername/Quarry/usr/include/libxml2/libxml -I/N/soft/rhel6/python/2.7.3/include/python2.7 -c src/lxml/lxml.etree.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lxml/lxml.etree.o -w
In file included from src/lxml/lxml.etree.c:346:0:
/N/hd00/rccaton/Quarry/python_modules/lxml-3.3.5/src/lxml/includes/etree_defs.h:
13:32: fatal error: libxslt/xsltconfig.h: No such file or directory
compilation terminated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1
Так что у меня в принципе та же проблема, когда я просматриваю его /user/local/libвместо моих $HOME/userкаталогов etc.
Как это обойти?
решение1
Убедитесь, что binподкаталоги обоих пакетов (libxml2/libxslt) находятся на вашем PATH. Они содержат *-configскрипты, которые используются во время компиляции lxml для определения того, где были установлены libxml2/libxslt.
[pdobrogost@host /]$ echo $PATH
(...):/opt/libxslt-1.1.27/bin:/opt/libxml2-2.6.32/bin:(...)
[pdobrogost@host /]$ which xml2-config && which xslt-config
/opt/libxml2-2.6.32/bin/xml2-config
/opt/libxslt-1.1.27/bin/xslt-config