Я пишу отчет с помощью латекса, но \printbibliographyвыдает Undefined control sequenceошибку. Это отрывок из моего файла .tex:
\documentclass[]{article}
\usepackage[backend=biber, sorting=none, maxnames=35]{biblatex}
\addbibresource{report.bib}
\title{Title}
\begin{document}
\maketitle
Report content \cite{hkust}\cite{hkust_cat}\cite{geom}\cite{dreiding}\cite{cp2k}\cite{charmm}\cite{Smit}\cite{csd1}\cite{csd2}.
\printbibliography
\end{document}
А это мой файл .bib:
@article{Smit,
author = {Boyd, Peter G. and Moosavi, Seyed Mohamad and Witman, Matthew and Smit, Berend},
title = {Force-Field Prediction of Materials Properties in Metal-Organic Frameworks},
journal = {The Journal of Physical Chemistry Letters},
volume = {8},
number = {2},
pages = {357-363},
year = {2017},
doi = {10.1021/acs.jpclett.6b02532}
}
@article{dreiding,
author = {Mayo, Stephen L. and Olafson, Barry D. and Goddard, William A.},
title = {DREIDING: a generic force field for molecular simulations},
journal = {The Journal of Physical Chemistry},
volume = {94},
number = {26},
pages = {8897-8909},
year = {1990},
doi = {10.1021/j100389a010}
}
@article {hkust,
author = {Chui, Stephen S.-Y. and Lo, Samuel M.-F. and Charmant, Jonathan P. H. and Orpen, A. Guy and Williams, Ian D.},
title = {A Chemically Functionalizable Nanoporous Material [Cu$_3$(TMA)$_2$(H$_2$O)$_3$]$_n$},
journal = {Science},
volume = {283},
number = {5405},
pages = {1148--1150},
year = {1999},
doi = {10.1126/science.283.5405.1148}
}
@article{charmm,
author = {MacKerell, A. D. and Bashford, D. and Bellott, M. and Dunbrack, R. L. and Evanseck, J. D. and Field, M. J. and Fischer, S. and Gao, J. and Guo, H. and Ha, S. and Joseph-McCarthy, D. and Kuchnir, L. and Kuczera, K. and Lau, F. T. K. and Mattos, C. and Michnick, S. and Ngo, T. and Nguyen, D. T. and Prodhom, B. and Reiher, W. E. and Roux, B. and Schlenkrich, M. and Smith, J. C. and Stote, R. and Straub, J. and Watanabe, M. and Wi{\'o}rkiewicz-Kuczera, J. and Yin, D. and Karplus, M.},
title = {All-Atom Empirical Potential for Molecular Modeling and Dynamics Studies of Proteins},
journal = {The Journal of Physical Chemistry B},
volume = {102},
number = {18},
pages = {3586-3616},
year = {1998},
doi = {10.1021/jp973084f}
}
@article{cp2k,
title={cp2k: atomistic simulations of condensed matter systems},
author={Hutter, J{\"u}rg and Iannuzzi, Marcella and Schiffmann, Florian and VandeVondele, Joost},
journal={Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science},
volume={4},
number={1},
pages={15--25},
year={2014}
}
@article{lammps,
title={Fast Parallel Algorithms for Short-Range Molecular Dynamics},
author={Steve Plimpton},
journal={The Journal of Computational Physics},
volume={117},
number={1},
pages={1-19},
year={1995}
}
@article{lbfgs,
title={On the Limited Memory BFGS Method for Large Scale Optimization},
author={Dong C., Liu and Jorge, Nocedal},
journal={The Journal Mathematical Programming},
volume={45},
number={},
pages={503-528},
year={1989},
doi={10.1007/BF01589116}
}
@article{fire,
title = {Structural Relaxation Made Simple},
author = {Bitzek, Erik and Koskinen, Pekka and G{\"a}hler, Franz and Moseler, Michael and Gumbsch, Peter},
journal = {Physical Review Letters},
volume = {97},
issue = {17},
pages = {170201-170205},
numpages = {},
year = {2006},
month = {},
publisher = {},
doi = {10.1103/PhysRevLett.97.170201}
}
@article{hkust_cat,
author = {Alaerts, Luc and S{\'e}guin, Etienne and Poelman, Hilde and Thibault-Starzyk, Fr{\'e}d{\'e}ric and Jacobs, Pierre A. and De Vos, Dirk E.},
title = {Probing the Lewis Acidity and Catalytic Activity of the Metal-Organic Framework [Cu$_3$(btc)$_2$]},
journal = {Chemistry: A European Journal},
volume = {12},
number = {28},
year = {2006},
pages = {7353-7363},
doi = {10.1002/chem.200600220}
}
@article {Murnaghan,
author = {Murnaghan, Francis D.},
title = {The Compressibility of Media under Extreme Pressures},
volume = {30},
number = {9},
pages = {244--247},
year = {1944},
doi = {10.1073/pnas.30.9.244},
journal = {Proceedings of the National Academy of Sciences}
}
@article{geom,
author = {Prestipino, C. and Regli, L. and Vitillo, J. G. and Bonino, F. and Damin, A. and Lamberti, C. and Zecchina, A. and Solari, P. L. and Kongshaug, K. O. and Bordiga, S.},
title = {Local Structure of Framework Cu(II) in HKUST-1 Metallorganic Framework: Spectroscopic Characterization upon Activation and Interaction with Adsorbates},
journal = {Chemistry of Materials},
volume = {18},
number = {5},
pages = {1337-1346},
year = {2006},
doi = {10.1021/cm052191g},
}
@article{csd1,
author = {Allen, Frank H.},
title = "{The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising}",
journal = {Acta Crystallographica Section B},
year = {2002},
volume = {58},
pages = {380--388},
doi = {10.1107/S0108768102003890},
}
@article{csd2,
author = {Groom, Colin R. and Allen, Frank H.},
title = {The Cambridge Structural Database in Retrospect and Prospect},
journal = {Angewandte Chemie International Edition},
volume = {53},
number = {3},
pages = {662-671},
doi = {10.1002/anie.201306438},
year = {2014},
}
Когда я запускаю файл .bib, он говорит:
WARN - Запись 'charmm' содержит символы, которые не могут быть закодированы в 'ascii'. Перекодирование проблемных символов в макросы.
Но я думаю, что решил эту проблему, написав неанглийские символы в фигурных скобках.
Другая проблема в том, что когда я компилирую отчет, он печатает что-то странное для \geomссылки. Вот страница ссылок. Проверьте ссылку 3.
Я не знаю, как решить эту проблему. Я проверил другие вопросы здесь, но ни один из них не помог. Любая помощь приветствуется.
решение1
Когда я запускаю MWE в современной системе LaTeX (новее апреля 2018 г.), LaTeX жалуется
! Package inputenc Error: Unicode character (U+2009)
(inputenc) not set up for use with LaTeX.
И действительно, скопируйте и вставьте ваш .bibфайл вhttps://w3c.github.io/xml-entities/unicode-names.htmlи поиск U+2009 в выводе показывает, что заголовок записиgeom
title = {Local Structure of Framework Cu(II) in HKUST-1 Metallorganic Framework: Spectroscopic Characterization upon Activation and Interaction with Adsorbates},
имеет тонкий пробел (U+2009) после двоеточия вместо обычного пробела.
Можно указать LaTeX, что делать с U+2009, добавив
\DeclareUnicodeCharacter{2009}{\thinspace}
к преамбуле. Но я думаю, что в данном случае тонкий пробел неуместен.
Я предлагаю вам просто заменить тонкий пробел на обычный.
Сообщение
WARN - The entry 'charmm' has characters which cannot be encoded in 'ascii'. Recoding problematic characters into macros.
предполагает, что вы можете использовать более старую систему LaTeX (старше апреля 2018 года), где ASCII все еще является стандартной кодировкой, а не UTF-8. В этом случае Biber пытается преобразовать не-ASCII символы в их аналоги LaTeX, но, по-видимому, не может сделать разумного действия для U+2009.
В этом случае единственный способ быстро возобновить работу — заменить тонкое пространство нормальным.
Что касается других предупреждений о символах, не входящих в набор ASCII, то их нельзя устранить добавлением дополнительных скобок.
Я предлагаю вам закодировать и .texдокумент, и .bibфайл в формате UTF-8 и сообщить об этом LaTeX путем загрузки \usepackage[utf8]{inputenc}(последний бит больше не нужен в новых версиях LaTeX, поскольку UTF-8 используется по умолчанию).
В общем этонетлучше, чтобы Biber вводил Wiórkiewicz-Kuczeraкак Wi{\'o}rkiewicz-Kuczera( charmm), пока вы сообщаете Biber, какую кодировку вы собираетесь использовать. Я настоятельно предпочитаю использовать символы Unicode здесь, если это возможно, потому что это позволяет избежать ненужной пары скобок (которые могут разрушить кернинг). То же самое касается J{\"u}rg/ Jürg( cp2k) и S{\'e}guin/Séguin( hkust_cat).
Вы также можете взглянуть на названиеhkust
title = {A Chemically Functionalizable Nanoporous Material [Cu$_3$(TMA)$_2$(H$_2$O)$_3$]$_n$},
похоже на легкое злоупотребление математическим режимом. Есть специальные пакеты, такие какmhchemиchemmacrosкоторые позволяют вам набирать химические формулы без необходимости переключения между текстовым и математическим режимами.