
Похоже, что наличие длинной таблицы на той же странице, что и перемещаемого туда плавающего элемента, приводит к сбою расчета длины, в результате чего текст перекрывает нижний колонтитул. MWE:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{mwe} % For dummy figures
\usepackage{lipsum} % For dummy text
\usepackage{graphicx}
\usepackage{scrlayer-scrpage}
\usepackage{longtable}
\usepackage{xcolor} % To visualize footer better
% Set up footer
\pagestyle{scrheadings}
\ifoot{\color{red}aaa}
\ofoot{\color{red}bbb}
\begin{document}
\section{A}
\lipsum[1-3]
\begin{figure} % Figure that will float to next page
\centering
\includegraphics[scale=1]{example-image-b}
\caption{Figure caption}
\end{figure}
\section{B}
\lipsum[1-2]
\begin{longtable}{|c|}
\hline
Table\\
\hline
\end{longtable}
\section{B}
\lipsum[1-3]
\end{document}
Обратите внимание на красный (для ясности) текст нижнего колонтитула. То же самое с latex и pdflatex. Не нужно определять собственный нижний колонтитул, но так было бы понятнее. Перезапишет номер страницы, если не определен специальный нижний колонтитул.
Есть идеи, как с этим справиться?