TheпроблемаЯ тем временем решил сам, новопрососталось. Я забыл обертку \text{} в \flaalign* env и получил указанную ошибку. Теперь математическая часть не обернута в \text{} (ну да), что, очевидно, вызывает вопрос: как LaTeX может знать, где математика, а где текст? Это не может быть открытый текст, позиция или столбцы, которые вызвали ошибку, поскольку следующее безвредно:
\begin{flalign*}
\omega=omega && \phi=phi && comment
\end{flalign*}
И ни одна из моих ссылок \ref{} не вызывает проблем в MWE. И кроме них, все было просто открытым текстом. Есть идеи, что вызывало проблемы? (примечание: все также находится внутри следствия/доказательства amsmath env.)