
решение1
Класс IEEEtran
документа использует Times Roman как текстовый шрифт по умолчанию и Computer Modern как математический шрифт по умолчанию. Теперь, Times Roman и Computer Modern не очень хорошо сочетаются, если говорить визуально.
Как уже предложил @JasperHabicht, вам следует рассмотреть возможность загрузки пакета, например, newtxmath
для использования Times Roman также и для математического материала.
\documentclass[lettersize,journal]{IEEEtran}
\usepackage{newtxtext,newtxmath}
\begin{document}
123456789 text mode
$123456789$ math mode
\end{document}