многократная переделка спальни в кровать с помощью bedtools

Question

У меня есть десять файлов .bam (биоинформационный формат), и я хотел бы преобразовать их в 10 файлов .bed, но для этого преобразования мне нужно использовать специальную команду

bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed

Answer 1

Ваш вопрос не очень понятен, но, возможно, эта команда оболочки поможет.

for x in *.bam; do
    bedtools bamTobed -i "$x" >"${x%.bam}.bed"
done

Answer 2

вы можете сделать что-то вроде:

parallel --jobs <int> "bamToBed -i {} > {.}.bed" ::: *.bam