☰

подсчет совпадений и несовпадений группировка по

tag-icon • tag-icon bash shell-script sed awk perl
подсчет совпадений и несовпадений группировка по

Помогите, пожалуйста, с shell-скриптом следующего содержания. Мне нужно подсчитать количество согласованных переменных в каждой полосе (col1) по всем образцам (col2). Например, поскольку все значения (col4) переменной 1 полосы 1 по всем трем образцам являются образцом, переменная 1 засчитывается в согласованную переменную. Аналогично, переменные 2 и 3 полосы 2 являются обе несогласованными.

lane1  sample1 variable1 ab
lane1  sample2 variable1 ab
lane1  sample3 variable1 ab   


lane1  sample1 variable2 cd
lane1  sample2 variable2 cd
lane1  sample3 variable2 cd

lane1  sample1 variable3 gh
lane1  sample2 variable3 ab
lane1  sample3 variable3 gh

lane2  sample1 variable1 ac
lane2  sample2 variable1 ac
lane2  sample3 variable1 ac


lane2  sample1 variable2 gt
lane2  sample2 variable2 gt
lane2  sample3 variable2 ac

lane2  sample1 variable3 ga
lane2  sample2 variable3 ga
lane2  sample3 variable3 ac

Выход

Количество последовательных и несогласованных переменных во всех трех выборках

      #Consistent #Inconsistent
lane1  2             1
lane2  1             2

решение1

Решение Perl:

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use feature qw{ say };

my %values;
while (<>) {
    next if /^$/; # Skip empty lines
    my ($lane, $sample, $var, $val) = split;
    die "Duplicate $lane $sample $var\n" if $values{$lane}{$var}{$val}{$sample};
    $values{$lane}{$var}{$val}{$sample} = 1;
}

my %results;
for my $lane (keys %values) {
    for my $var (keys %{ $values{$lane} }) {
        my $count = keys %{ $values{$lane}{$var} };
        if (1 == $count) {
            ++$results{$lane}{consistent};
        } else {
            ++$results{$lane}{inconsistent};
        }
    }
    say join "\t", $lane, @{ $results{$lane} }{qw{ consistent inconsistent }};
}

Связанный контент