MySQL дает сбой при увеличении значения max_heap_table_size

MySQL дает сбой при увеличении значения max_heap_table_size

У меня есть экземпляр MySQL, работающий на сервере Ubuntu 12.04, оснащенном 120 ГБ ОЗУ. На нем запущено несколько PHP-скриптов, которые иногда устанавливают новые параметры mysql. Один из этих скриптов использует большие таблицы MEMORY для консолидации данных перед их вставкой в ​​таблицы MySISAM.

Недавно я обновил max_heap_table_size и tmp_table_size с 16 ГБ до 20 ГБ, чтобы избежать ошибок "table is full". В результате MySQL рухнул во время следующего запуска скрипта.

На самом деле сначала был сгенерирован след strack:

14:30:19 UTC - mysqld got signal 11 ;
This could be because you hit a bug. It is also possible that this binary
or one of the libraries it was linked against is corrupt, improperly built,
or misconfigured. This error can also be caused by malfunctioning hardware.
We will try our best to scrape up some info that will hopefully help
diagnose the problem, but since we have already crashed,
something is definitely wrong and this may fail.

key_buffer_size=536870912
read_buffer_size=131072
max_used_connections=85
max_threads=700
thread_count=82
connection_count=81
It is possible that mysqld could use up to
key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 2055554 K  bytes of memory
Hope that's ok; if not, decrease some variables in the equation.

Thread pointer: 0x7ff66dbb4f30
Attempting backtrace. You can use the following information to find out
where mysqld died. If you see no messages after this, something went
terribly wrong...
stack_bottom = 7ff632b80e60 thread_stack 0x28000
/usr/sbin/mysqld(my_print_stacktrace+0x29)[0x7ff66b087589]
/usr/sbin/mysqld(handle_fatal_signal+0x483)[0x7ff66af4c9d3]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0xfcb0)[0x7ff669c96cb0]
/usr/sbin/mysqld(_Z10field_convP5FieldS0_+0x37)[0x7ff66af49077]
/usr/sbin/mysqld(_ZN10Item_field13save_in_fieldEP5Fieldb+0x46)[0x7ff66af599b6]
/usr/sbin/mysqld(_Z11fill_recordP3THDPP5FieldR4ListI4ItemEb+0x4e)[0x7ff66adf3afe]
/usr/sbin/mysqld(_ZN12select_union9send_dataER4ListI4ItemE+0x6f)[0x7ff66aea705f]
/usr/sbin/mysqld(+0x32c554)[0x7ff66ae5a554]
/usr/sbin/mysqld(+0x3225cf)[0x7ff66ae505cf]
/usr/sbin/mysqld(_Z10sub_selectP4JOINP13st_join_tableb+0x7e)[0x7ff66ae5255e]
/usr/sbin/mysqld(+0x335274)[0x7ff66ae63274]
/usr/sbin/mysqld(_ZN4JOIN4execEv+0xc03)[0x7ff66ae72ec3]
/usr/sbin/mysqld(_Z12mysql_selectP3THDPPP4ItemP10TABLE_LISTjR4ListIS1_ES2_jP8st_orderSB_S2_SB_yP13select_resultP18st_select_lex_unitP13st_select_lex+0x130)[0x7ff66ae6e610]
/usr/sbin/mysqld(_Z21mysql_derived_fillingP3THDP3LEXP10TABLE_LIST+0x121)[0x7ff66ae13671]
/usr/sbin/mysqld(_Z20mysql_handle_derivedP3LEXPFbP3THDS0_P10TABLE_LISTE+0x68)[0x7ff66ae130f8]
/usr/sbin/mysqld(_Z20open_and_lock_tablesP3THDP10TABLE_LISTbjP19Prelocking_strategy+0x11a)[0x7ff66adf7c9a]
/usr/sbin/mysqld(+0x2fac95)[0x7ff66ae28c95]
/usr/sbin/mysqld(_Z21mysql_execute_commandP3THD+0x16a6)[0x7ff66ae307f6]
/usr/sbin/mysqld(_Z11mysql_parseP3THDPcjP12Parser_state+0x10f)[0x7ff66ae35a0f]
/usr/sbin/mysqld(_Z16dispatch_command19enum_server_commandP3THDPcj+0x1e71)[0x7ff66ae37951]
/usr/sbin/mysqld(_Z24do_handle_one_connectionP3THD+0x1bd)[0x7ff66aeddd9d]
/usr/sbin/mysqld(handle_one_connection+0x50)[0x7ff66aedde00]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x7e9a)[0x7ff669c8ee9a]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7ff6693bf3fd]

Trying to get some variables.
Some pointers may be invalid and cause the dump to abort.
Query (7fea98004a80): is an invalid pointer
Connection ID (thread ID): 15144
Status: NOT_KILLED

The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.

Сбой/перезагрузка произошла через час:

131122 15:30:24 [Warning] Using unique option prefix myisam-recover instead of myisam-recover-options is deprecated and will be removed in a future release. Please use the full name instead.
131122 15:30:24 [Warning] Using unique option prefix myisam-recover instead of myisam-recover-options is deprecated and will be removed in a future release. Please use the full name instead.
131122 15:30:24 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
131122 15:30:24 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
131122 15:30:24 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
131122 15:30:24 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3.4
131122 15:30:24 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
131122 15:30:24 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
131122 15:30:24 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
InnoDB: Log scan progressed past the checkpoint lsn 1319218667
131122 15:30:24  InnoDB: Database was not shut down normally!
InnoDB: Starting crash recovery.

К сожалению, у меня нет binlog или логов медленных запросов, чтобы разместить их здесь, но я могу сказать, что скрипт PHP продолжал работать после того, как был создан стек трассировки. Он остановился во время перезапуска mysql.

Аппаратный сбой не следует рассматривать, поскольку эта ошибка уже произошла на двух разных серверах.

Что может быть причиной сбоя? Как узнать максимальные max_heap_table_size и tmp_table_size, которые я могу использовать без сбоя mysql?

ulimit -a
core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 1031141
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) 8192
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 1031141
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited

Версия mysql — 5.5.34 для Ubuntu 12.04,1

решение1

При наличии 120 ГБ памяти вполне возможно, что на вашем компьютере также имеется несколько физических процессоров и архитектура с неоднородным доступом к памяти (NUMA). Если это так, то у вас может быть много доступной памяти, но все равно, как ни странно, ее будет недостаточно.

Если я правильно понял, вы можете столкнуться с этой проблемой, когда MySQL пытается увеличить объем памяти, выделенной для таблицы MEMORY, и обнаруживает ошибку, связанную с тем, как Linux обрабатывает выделение памяти при работе на этой архитектуре — рассматривая только доступную память, которая находится на планках памяти, напрямую подключенных к одному конкретному ЦП, который был произвольно выбран в качестве «того», с которого будут обрабатываться запросы памяти, — несмотря на то, что другая физическая память свободна в других местах на материнской плате.

NUMA хороша в теории, но, возможно, не идеально подходит для отдельных процессов, требующих огромных объемов памяти, как в случае с MySQL... но есть обходной путь.

Исправление будет заключаться в изменении mysqld_safeскрипта путем добавления следующей строки:

cmd="/usr/bin/numactl --interleave all $cmd"

...немедленнопослеэта строка...

cmd="$NOHUP_NICENESS"

Причины объясняются здесь, в превосходной статье, изначально написанной для того, чтобы разобраться, почему серверы MySQL с этой архитектурой интенсивно перезагружались, несмотря на свободную память; однако это был симптом более серьезной проблемы, которую авторвпоследствииуказано, что «это не только проблема подкачки», которая, даже при отключенной подкачке, может включать «сбои в распределении памяти».

http://blog.jcole.us/2010/09/28/mysql-swap-insanity-and-the-numa-architecture/

Я, конечно, размышляю о том, применимо ли это к вашей системе, но это кажется стоящей возможностью. Я использовал именно это исправление, когда столкнулся с проблемой на новой машине на 128 ГБ, когда я пытался предоставить пул буферов InnoDB на 64 ГБ, и MySQL не смог найти 64 ГБ свободных на машине сничегоelse running. Когда я понял, что наибольшее значение, которое я мог бы успешно использовать, было меньше 1/4 от общей памяти в 16-ядерной машине с 4физическийпроцессоры... что-то вроде того, с чем вы, похоже, столкнулись... было, когда я сложил все воедино относительно сути проблемы.

решение2

Документация дляразмер_таблицы_tmpговорит, что эта настройка — максимальный размер временной таблицы.в памятиПревышение этого размера не приводит к возникновению ошибок переполнения таблицы; оно приводит к изменению использования таблицы в памяти на использование таблицы MyISAM на диске.

Система зависает, потому что вы позволяете временным таблицам использовать гораздо больше памяти, чем им положено. То же самое с таблицами памяти.

Вам следует удалить tmp_table_sizeспособdown. Помните, что эта настройка не является общим максимумом. Это максимум для каждой временной таблицы. Если у вас есть 5 запросов, создающих огромную временную таблицу (скажем, чуть меньше 20 ГБ каждый), то теперь у вас есть временные таблицы, использующие до 100 ГБ вашей оперативной памяти. Добавьте 6-ю, и вы используете больше оперативной памяти, чем есть на сервере в целом.

Если ваши скрипты фактически используют механизм хранения MEMORY, то после записи данных в файл MyISAM вам следует рассмотреть возможность изменения этого. Если действительно нужна такая высокая производительность для временной таблицы такого размера, вам следует рассмотреть возможность получения более быстрого хранилища (например.Fusion-io,Вириденти др.) Если это излишне или слишком дорого, я бы по крайней мере рассмотрел SSD-накопители потребительского класса.

MyISAM работает лучше всего, когда его данные кэшируются в системной памяти (неиспользуемая оперативная память). Если ваши скрипты опустошают кэш каждый раз, когда они делают огромный запрос (используя движок MEMORY), производительность вашего MyISAM пострадает.

Подозреваю, что скрипт использует механизм хранения MEMORY для «улучшения» производительности, когда на самом деле убивает его. Если это временная таблица, она должна использовать временные таблицы, а ваш tmp_table_size должен быть намного меньше, заставляя его сохраняться на диске после того, как он нарушает tmp_table_size.

Значения по умолчанию для max_heap_table_size и tmp_table_size составляют 16 МБ. Если возможно, я бы предложил изменить настройки обратно на значения по умолчанию. Увеличивайте их небольшими шагами, отслеживая использование ресурсов (дисковый ввод-вывод, общее использование памяти, использование процессора и т. д.), пока не найдете настройки, которые подходят для вашего набора данных.

Связанный контент