Пункты меню не появляются в Видео (приложение по умолчанию, которое воспроизводит видео) и Файлах и многих других приложениях. Это произошло после перезагрузки в 16.04 lts.
При наведении указателя мыши отображаются только кнопки свернуть/развернуть/закрыть.
P.S. Я должен уточнить: меню доступны для некоторых других приложений, таких как VLC, Chrome,...
На самом деле, мне кажется, что это влияет только на изначально установленные приложения по умолчанию, а не на те, которые были добавлены позже (например, vlc, chrome).
P.S. После перезагрузки все возвращается на круги своя. :)