☰

однозначно удалить нежелательные строки в нескольких файлах

tag-icon • tag-icon text-processing scripting grep
однозначно удалить нежелательные строки в нескольких файлах

Мне нужно удалить ненужные данные из нескольких выходных файлов. Часть каждого файла выглядит так

# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:18697:4431_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.42e-137   1   271 53  323
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.06e-87    1   197 436 236
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:10339:5290_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:10339:5290_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found

Первые 4 строки представляют один выходной результат.

# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:7647:16266_2:N:0:215
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found

Мне нужно удалить все выходные результаты с 0 совпадениями, т.е. все 4 строки (показанные выше)

Я заметил, что при результате: 1 совпадение найдено, добавлено 2 дополнительных строки. 6-я строка не начинается с символа "#". Как я могу использовать

grep -B

команда для этого? Я ожидал, что на выходе будет файл с результатом "Найдено только 1 совпадение". как показано ниже

# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.42e-137   1   271 53  323
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.06e-87    1   197 436 236
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
JN673389_(modified) Trypanosoma congolense isolate TS07210 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_1:N:0:196   JN673389_(modified) 2.04e-105   1   231 23  253
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
TCU22315_(modified) Trypanosoma congolense IL1180 18S, 5.8S, 28S-LS1, srRNA1, complete sequence, and 28S-LS2 ribosomal RNA, partial sequence    M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_2:N:0:196   TCU22315_(modified) 1.40e-75    1   156 1176    1021

решение1

Вы можете использовать tac, чтобы перевернуть строки файла и удалить 3 строки перед соответствующим шаблоном, включая строку, содержащую соответствующий шаблон, используя sed, например:

tac filename | sed '/0 hits/I,+3 d' | tac

и если вы хотите редактировать файл на месте, вы можете использовать -iопцию в sedкоманде, например,

tac filename | sed -i '/0 hits/I,+3 d' filename | tac

Связанный контент