☰

Невозможно установить пакет geojson для R

tag-icon • tag-icon 16.04 package-management paths r pkg-config
Невозможно установить пакет geojson для R

У меня Ubuntu 16.04 и R 3.4.3. Когда я запускаю

install.packages("geojson", dep=TRUE)

в R я получаю следующую ошибку:

зависимость «protolite» недоступна для пакета «geojson»

Поэтому я бегу

install.packages("protolite", dep=TRUE)

на что я получаю:

Configuration failed because protobuf was not found. Try installing:
 * deb: libprotobuf-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: protobuf-devel (Fedora, EPEL)
 * csw: protobuf_dev (Solaris)
 * brew: protobuf (OSX)
If protobuf is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a protobuf.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

Однако, запустив protoc --versionтерминал, я получаю

libprotoc 2.6.1

Так что, похоже, у меня установлена ​​последняя версия. Я также пробовал копировать protobuf.pcи /usr/lib/pkconfig/устанавливать PKG_CONFIG_PATHс помощью

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig

безуспешно. Я не знаю, как проверить, pkg-configнаходится ли в моем PATH, и как следовать последним инструкциям руководства. В частности, я не знаю, для каких каталогов мне следует писать INCLUDE_DIR=...и LIB_DIR=....

Как мне действовать?

решение1

Вы можете установить свои пакеты R, выполнив следующие действия:

#1. add R 3.4.3 repository if not added before
cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

#2. add repository for libjq-dev
sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq

#3. update package lists
sudo apt-get update

#4. install R and dependencies
sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \
libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler

#5. launch R and install geojson package:
R
> install.packages("geojson", dep=TRUE)

решение2

Я только что обнаружил, что моя /usr/bin/pkg-config(версия 0.29.1 в комплекте с Ubuntu 18.04) очень глючная. Она не смотрит в каталоги, указанные в PKG_CONFIG_PATH (пользовательские каталоги не были видны в отладочном потоке). Мне пришлось собрать более новую версию (0.29.2) из ​​исходников. Это решило мою проблему.

Надеюсь, это кому-то поможет.

Связанный контент