решение1
Вы можете использовать wmctrl. Например, чтобы переместить окно менеджера обновлений в положение x=10, y=10 с шириной=400, высотой=400:
wmctrl -r :SELECT: -e '0,10,10,400,400'
Опция -r :SELECT: означает, что вы можете выбрать окно, размер которого хотите изменить/переместить, после ввода команды.