
У меня есть файл со следующей структурой:
GO:0000001 mitochondrion inheritance
GO:0000002 mitochondrial genome maintenance
GO:0000003 reproduction
alt_id: GO:0019952
alt_id: GO:0050876
GO:0000005 obsolete ribosomal chaperone activity
GO:0000006 high-affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
GO:0000007 low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
GO:0000008 obsolete thioredoxin
alt_id: GO:0000013
GO:0000009 alpha-1,6-mannosyltransferase activity
Там, где это сказано, alt_id
это означает, что это альтернатива предыдущему GO:
коду. Я хотел бы добавить к каждому alt_id
определение предыдущего GO:
, то есть я хочу вывод вроде этого:
GO:0000001 mitochondrion inheritance
GO:0000002 mitochondrial genome maintenance
GO:0000003 reproduction
alt_id: GO:0019952 reproduction
alt_id: GO:0050876 reproduction
GO:0000005 obsolete ribosomal chaperone activity
GO:0000006 high-affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
GO:0000007 low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
GO:0000008 obsolete thioredoxin
alt_id: GO:0000013 obsolete thioredoxin
GO:0000009 alpha-1,6-mannosyltransferase activity
Как скопировать содержимое предыдущей строки в следующую? Я работаю с Cygwin в среде Windows.
решение1
С awk
, не уверен, будет ли он работать наCygwin
$ awk '{ if(/^alt_id/){$0 = $0" "p} else{p = ""; for (i=2; i<=NF; i++) p = p" "$i} } 1' ip.txt
GO:0000001 mitochondrion inheritance
GO:0000002 mitochondrial genome maintenance
GO:0000003 reproduction
alt_id: GO:0019952 reproduction
alt_id: GO:0050876 reproduction
GO:0000005 obsolete ribosomal chaperone activity
GO:0000006 high-affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
GO:0000007 low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
GO:0000008 obsolete thioredoxin
alt_id: GO:0000013 obsolete thioredoxin
GO:0000009 alpha-1,6-mannosyltransferase activity
- Для каждой строки, не совпадающей
alt_id
в начале строки, используйте переменную (p
), чтобы сохранить все столбцы, начиная со второго. - Если строка совпадает
alt_id
с началом строки, добавить содержимоеp
переменной к входной строке, содержащейся в$0
переменной - Финальный вариант
1
— это кратчайший путь для печати содержимого$0
решение2
Эту задачу можно легко выполнить,сед
sed '
N #append next line (operate with `line1\nline2`);
/\nalt_id/s/\([^0-9]*\)\n.*/&\1/
#if next line starts with `alt_id` the append end of present line
P #print present line (all before `\n`)
D #remove all before `\n`, starts from begin with remain part (line2)
' file
Другой способ — использовать hold-space.
sed '
/^alt_id:/G #if line starts by `alt_id:` append hold-space
s/\n// #remove `\n`ewline symbol
t #if removing success pass further commands (go to end)
h #if no (for other lines) copy it to hold-space
s/\S*// #remove all non-space symbols from start till first space
x #exchange hold-space and pattern-space ==
#+put resedue into hold-space and return full line
' file