☰

Удалить целый столбец в файле A, содержащий названия полей в файле B.

tag-icon • tag-icon awk
Удалить целый столбец в файле A, содержащий названия полей в файле B.

У меня есть файл с 500 столбцами. Мне нужно удалить некоторые столбцы, названия которых описаны в списке в другом файле. Например

fileA:

    id1 id22 id43 id4 id5 id6 id7 id68 id9 id10 id11 
    TT AA AG TC TT AA AG TC DD AA CC     
    TT AC GG TC TT AG AG TC AD AA DC

fileB:

    id1
    id5
    id10
    id68

Желаемый результат:

         id22 id43 id4 id6 id7 id9 id11 
           AA AG TC AA AG DD CC     
           AC GG TC AG AG AD DC

решение1

Не знаю, можно ли назвать это однострочным заданием, но это можно сделать на лету с помощью самых простых инструментов:

cut -d' ' -f $(head -n 1 fileA | tr -s ' ' '\n' | cat -n | grep -wvf fileB | cut -f 1 | tr '\n ' ',' | sed -e 's/,$//' -e 's/^,//') fileA

Объяснение:

Команда просто использует пробел в качестве разделителя и выбирает, какие поля оставить. Затем возникает вопрос, какие поля/столбцы использовать, которые задаются списком индексов, разделенных запятыми, который мы создаем на лету cut:cut -d' ' -f [...] fileA-d' '-f

head -n 1 fileAвыбирает только строку заголовка, tr -s ' ' '\n'заменяет все пробелы на новые строки (и -sобъединяет несколько вхождений в одно), cat -nдобавляет номера строк в этот список.

Эти номера строк идентичны исходным номерам столбцов, поэтому нам нужно выбрать оставшиеся. С помощью grep -wvf fileBмы делаем обратный grepпинг с заголовками из списка удаления (используйте , -wчтобы убедиться, что eg id1также не удаляет id11), затем cut -f 1этот список только для номеров строк и преобразуем новые строки в запятые ( tr '\n' ','), что дает нам наш разделенный запятыми список оставшихся столбцов. Однако на последнем шаге все еще есть запятые до и после списка, поэтому нам нужно удалить их с помощью sed -e 's/,$//' -e 's/^,//'. Итак, теперь cutсписок полей внешнего ' завершен.

Возможно, сначала следует запустить внутренние трубы отдельно в качестве встречной проверки — избыточный индекс столбца не повлияет на результат.

Связанный контент