☰

Как экспортировать значения данных на терминале в CSV-файл в Bash

tag-icon • tag-icon shell-script text-processing
Как экспортировать значения данных на терминале в CSV-файл в Bash

Я хотел бы экспортировать значения данных, сгенерированные на терминале, в файл CSV. Ниже приведен вывод, который я получаю после выполнения инструкции в Freesurfer.

dev@dev-OptiPlex-780:~$ mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only

    $Id: mri_segstats.c,v 1.75.2.9 2013/02/16 00:09:33 greve Exp $
    cwd 
    cmdline mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only 
    sysname  Linux
    hostname dev-OptiPlex-780
    machine  x86_64
    user     dev
    UseRobust  0
    atlas_icv (eTIV) = 1144730 mm^3    (det: 1.701803 )

Из приведенного выше вывода я хотел бы извлечь только значение atlas_ICV(eTIV) (т.е. = 1144730 мм^3) в CSV-файл с помощью скрипта bash. Буду весьма признателен за любые предложения.

Я написал автоматизированный код для извлечения значения ICV для 10 субъектов, которые есть в моем каталоге.

    for ICV in `cat list_subjects.txt`;do

    #mri_segstats --subject $ICV --etiv-only

   ICV_Calculation=mri_segstats --subject $ICV --etiv-only | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'

    echo "${Subjects_ICV},${ICV_Calculation}" >>Subjects_ICV.csv

    done

где list_subjects.txt включает все предметы, которые есть в моем каталоге

решение1

Я хотел бы извлечь только значение atlas_ICV (eTIV)(т.е. = 1144730 mm^3)

Учитывая этот файл:

: mri_segstats.c,v 1.75.2.9 2013/02/16 00:09:33 greve Exp $
cwd 
cmdline mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only 
sysname  Linux
hostname dev-OptiPlex-780
machine  x86_64
user     dev
UseRobust  0
atlas_icv (eTIV) = 1144730 mm^3    (det: 1.701803 )

Я могу использовать это sed:

sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p' atlas
1144730 mm^3

Если вы хотите извлечь это значение из выходных данных в STDOUT, просто используйте конвейер, например так:

cat atlas | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'
1144730 mm^3

В вашем случае, я полагаю, это будет выглядеть так:

mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'

sed --version
sed (GNU sed) 4.2.2

Связанный контент