編輯和解決方案
因為我原來的問題措辭很糟糕，而且我試圖重新發明輪子，所以我現在正在回答我自己的問題（也許它對其他人有幫助）：
gff2fasta 是一個完全滿足我需要的工具，即從完整基因組中提取給定的 DNA 片段（一個名為 FULLGENOME.fasta 的 fasta 格式的巨大文件）。
如果我知道我想要的片段在哪裡，我可以創建一個名為TEST.gff 的文件，在其中指定gff2fasta 片段的腳手架（此處：sca_5_chr5_3_0）以及開頭（此處：2390621）和結尾（此處： 2391041），例如：
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2390621 2391041 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463;
然後我只需要運行
gff2fasta.pl -gff TEST.gff -fasta FULLGENOME.fasta -out test
然後 gff2fasta 將從 TEST.gff 獲取資訊並在名為 test 的檔案中輸出我想要的位，該檔案如下所示：
>sca_5_chr5_3_0_2390621_2391041_F
ATGACGACCCGCGCACCCAAAGACACATACGCTCAGCCCGACTATGAGGAGGCTCACCTAGCGACGTTTGCAGCCCCAAA
AGGCTACCCTATCGAGTCTATGCTACCCCCTAGCGTGAAGAGGGAGACCTTTGAACAGGCCCTAGCCGAGTTTACCGACG
CTATCGGCAAAGATTATGTCTTTATCGGCGATGCTCTCTCTCACTACATCGATCCCTACGACATCTATATCGATGATAGT
GAGAGAAGGAGGATGCCGAGCGCGGCTGTTTGGTACGTAACGCGGCACCCATCGAAACCTAGCAGCACTGACAAGTTTCC
GCGTCTAGTCCCTCTTCGCTCGAGGAAGCTAAGCAGGCTCTCAAGGTTGCGAACAAATACGGCATTCCGATCTGGGCATT
TTCCAGAGGCAAGAACCTGGG
感謝 terdon 和其他人的幫助！
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這是這個問題的延續，包含更多資訊和細節unix：取得文件中的第10到80個字符
我想我已經快到了，但仍然需要一些幫助。
我試圖盡可能清楚地解釋它，但我知道這是一個非常專業的問題，所以請讓我知道我是否可以進一步澄清！
我擁有的是三個文件：
管理員注意：可以上傳文件嗎？我不知道如何...
一文件(N_haematococca_1.fasta) 我需要從中提取一個名稱：
head -1 N_haematococca_1.fasta | cut -f4 -d'|'
在本例中這個名稱是：
e_gw1.5.88.1
問題 1：上面的程式碼工作正常，但我在將名稱 (e_gw1.5.88.1) 保存在以後可以使用的變數中時遇到問題...
我想將該名稱保存在一個變數中，我們稱之為：
firstline
A第二檔案（Necha2_best_models.gff），我想要該名稱出現的所有行：
grep -ir "e_gw1.5.88.1" --include="Necha2*.gff" > Necha2_in_genome.list
但對於命名變數：
grep -ir $firstline --include="Necha2*.gff" > Necha2_in_genome.list
這適用於使用“e_gw1.5.88.1”...
我在這裡創建的文件告訴我要剪切的 DNA 片段的名稱 (sca_5_chr5_3_0) 以及我需要其中的哪一部分（從字符號 2390621 到字符號 2392655）。我需要這些資訊才能從第三個文件中獲得正確的位
a=(`awk -F '\t' '{print $4}' Necha2_in_genome.list`)
startDNA=${a[1]}
endDNA=${a[${#a[@]}-1]}
#add 1000 or other number, depending on the problems with the gene
correctedstartDNA=$(($startDNA-1000))
correctedendDNA=$(($endDNA-1000))
在一個第三在本例中，我想從中剪下關鍵字（sca_5_chr5_3_0）後的某些部分：
感謝 Kamaraj 和 hschou，我現在對此有了部分解決方案：
cat Necha2_scaffolds.fasta | sed -n -e '/sca_5_chr5_3_0/,$p' | grep -v '^>' | tr -d '\n'|awk -v start="${correctedstartDNA}" -v end="${correctedendDNA}" '{print substr($0,start,end)}' RS= Necha2_scaffolds.fasta
但是，如果我用較小的數字進行調試：
cat Necha2_scaffolds.fasta | sed -n -e '/sca_5_chr5_3_0/,$p' | grep -v '^>' | tr -d '\n'|awk -v start=10 -v end=20 '{print substr($0,start,end)}' RS= Necha2_scaffolds.fasta
我得到這個輸出：
r1_1_0
CCTTATCCTAGCG
nmapped
CTTATATATTAT
nmapped
TAAAAGGAGTTA
unmapped
TCTTATATAAA
unmapped
AATCTTAAGAA
看來 RS 選項被忽略，它只列印某些行的字元 10 到 20。我不知道為什麼選擇這些行。
sca_5_chr5_3_0
僅在文件中出現一次。
還有其他名字
>sca_66_unmapped
>sca_67_unmapped
ETC
我必須從 178 個基因組中獲取這些信息，它們都是巨大的文件，手動搜索不是一個選擇。
文件看起來如何：
N_haematococca_1.fasta（文件1）是一個普通的fasta檔案：
>jgi|Necha2|40463|e_gw1.5.88.1
MTTRAPKDTYAQPDYEEAHLATFAAPKGYPIESMLPPSVKRETFEQALAEFTDAIGKDYVFIGDALSHYI
DPYDIYIDDSERRRMPSAAVCPSSLEEAKQALKVANKYGIPIWAFSRGKNLGYGGPSARVNGSVAFDLHR
Necha2_best_models.gff（檔案 2）看起來像這樣（只是更長）：
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2390621 2390892 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2390621 2390892 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 1
sca_5_chr5_3_0 JGI start_codon 2390621 2390623 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2390949 2391041 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2390949 2391041 . + 2 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 2
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2391104 2391311 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2391104 2391311 . + 2 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 3
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2391380 2392367 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2391380 2392367 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 4
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2392421 2392485 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2392421 2392485 . + 1 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 5
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2392541 2392657 . + . name "e_gw1.5.88.1"; transcriptId 40463
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2392541 2392657 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"; proteinId 40463; exonNumber 6
sca_5_chr5_3_0 JGI stop_codon 2392655 2392657 . + 0 name "e_gw1.5.88.1"
sca_5_chr5_3_0 JGI exon 2396205 2396730 . + . name "e_gw1.5.227.1"; transcriptId 41333
sca_5_chr5_3_0 JGI CDS 2396205 2396730 . + 0 name "e_gw1.5.227.1"; proteinId 41333; exonNumber 1
sca_5_chr5_3_0 JGI start_codon 2396205 2396207 . + 0 name "e_gw1.5.227.1"
Necha2_scaffolds.fasta（文件 3）看起來有點像這樣（更長的 GATC 位元...）：
>sca_8_chr1_1_0
CCTTATCCTAGCGAGGATTAAGGTCCTCGAAAAGAAAGGCAAAGATATAAAGGTAATATAATAGAAGATT
AAGGTATTCTAAGTAAAGGTTATAAAGAAATAAAATAAGAAGAATATTTATAGGCTAAGAAAGACCCCCC
TAAAGGTTAAGGACTTAATATTAAGATTTAATATTCCCTAATTAATTAATATATTAATAAAAATAAAGAT
>sca_5_chr5_3_0
ATGACCACTATATCCATCGGCACAACGGCGTTAATCACATTTGGGTCTGCAATTTTCTGTTTTTGCGGTT
TTCATGTCGGTTCCAACGGGCGGAGCTCGACCAAGAATTACATACATTACGTGGCGCGAGCGCTCTACCC
TCTGGGACATGAAGGGGACGAGGAGTCTGGAGAGGTTCATGTTTGGAATCACAGCATGGTACTGCGGCAC
CCTACCTTGGTCATTCGTTGGTCTCTTTTTTTCAGGGTATGGACGCAGACTCTCAGACTCGCTCTGCTTT
>sca_67_unmapped
CTACAGGAAGCCCTAGAGGCCCTGCAAGACCTTCCAAAGCAGCACTCTTTGCTTCTTCTTAGAGGCAGTA
TCCAGCTTCTTCTAAGGCACCTCCAGAGGCAGCTAGACCCAACCGGGCTAAAAGACCTTTGGGAAGAGGC
TAATACCCTTATAAGAGAGGCTATTATAGCCCTAGTGGCTAGAAGCCCTAGTGAGAGCCCTAAAGAGCCT
AATTCAAGCCTTATAGCCCTTCCAGTCAGAGAGGGAGGCCTAGGAATACCCTTACACAAGGACCTAGCCC
預期最終輸出：是 >sca_5_chr5_3_0 關鍵字之後的一位文本
TTCATGTCGGTTCCAACGGGCGGAGCTCGACCAAGAATTACATACATTACGTGGCGCGAGCGCTCTACCC
TCTGGGACATGAAGGGGACGAGGAGTCTGGAGAGGTTCATGTTTGGAATCACAGCATGGTACTGCGGCAC
CCTACCTTGGTCATTCGTTGGTCTCTTTTTTTCAGGGTATGGACGCAGACTCTCAG