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如何使用 awk 從特定列中提取小於 0 和點的值並列印整行

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如何使用 awk 從特定列中提取小於 0 和點的值並列印整行

我有製表符分隔文件，我想從第二列中提取“exonic”條目，從第三列中提取“非同義SNV”條目，以及從第4、5、7 列中提取小於(<1 ) 和點(.) 的值

Chr     Func.refGene    ExonicFunc.refGene  1000g2015aug_eas 1000g2015a avsnp147    ExAC_ALL
chr1    intergenic      synonymous SNV      .                .          .           .
chr1    exonic          nonsynonymous SNV   1.2              .          .           .
chr2    exonic          nonsynonymous SNV   0.246            .          rs2022      0.4061
chr2    intronic        synonymous SNV      .                0.7386     rs2289093   0.7275
chr2    exonic          nonsynonymous SNV   0.6131           0.7376     rs227       0.7167
chr2    intergenic      nonsynonymous SNV   .                0.231      .           .
chr3    exonic          synonymous SNV      0.2192           0.2376     rs230       0.2205
chr3    intergenic      nonsynonymous SNV   2.01             0.2376     rs230       0.2204

預期產出

chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.246   .       rs2289195   0.4061
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.6131  0.7376  rs2276599   0.7167

以下是我編寫的程式碼 awk -F'\t' '$2~/exonic/ && $3~/nonsynonymous SNV/ && $4~/^0/ && $5~/^0/ && $7~/^0/{print $0}' inputfile.txt >> outputfile.txt此提取條目從第 4,5 和 7 列中以零（小於 1）開頭，但我不知道如何提取小於 1 和點（。）

答案1

我建議不要使用正規表示式測試，而是建議對字串進行字串比較，對數字進行數字比較，即

$2 == "exonic"

和

$4+0 < 1

（+0強制數字比較而不是詞法比較）。除此之外，這只是邏輯正確的問題：

$ awk -F'\t' '$2 == "exonic" && $3 == "nonsynonymous SNV" && ($4+0 < 1 || $4 == ".") && ($5+0 < 1 || $5 == ".") && ($7+0 < 1 || $7 == ".")' inputfile.txt
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.246   .   rs2022  0.4061
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.6131  0.7376  rs227   0.7167

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