我想刪除空格（-）。如果在同一位置的所有 >Tem 中發現間隙連續 >10，則刪除所有間隙，並從 Tem 中相同位置的查詢中刪除序列或間隙。範例 如果第一個模板中存在間隙，而第二個模板中沒有間隙，則不刪除該間隙。
輸入檔案範例
>Tem1.pdb
------------------------------------------------------------
--------------------------------GETLGEKWKKKLNQLSRKEFDLYKKSGI
TEVDRTEAKEGLKRGETT-HHAVSRGSAKLQWFVERNMVIPEGRVIDLGCGRGGWSYYCA
>Tem2.pdb
------------------------------------------------------------
--------------------------------GRTLGEQWKEKLNAMSREEFFKYRREAI
IEVDRTEARRARRENNIVGGHPVSRGSAKLRWLVEKGFVSPIGKVIDLGCGRGGWSYYAA
>Query_seq
PKFEKQLGQVMLLVLCAGQLLLMRTTWAFCEVLTLATGPILTLWEGNPGRFWNTTIAVST
ANIFRGSYLAGAGLAFSLIKNAQTPRRGTGTTGETLGEKWKRQLNSLDRKEFEEYKRSGI
LEVDRTEAKSALKDGSKI-KHAVSRGSSKIRWIVERGMVKPKGKVVDLGCGRGGWSYYMA
輸出文件應如下所示
>Temp1
--------------------------------GETLGEKWKKKLNQLSRKEFDLYKKSGI
TEVDRTEAKEGLKRGETT-HHAVSRGSAKLQWFVERNMVIPEGRVIDLGCGRGGWSYYCA
>Temp2
--------------------------------GRTLGEQWKEKLNAMSREEFFKYRREAI
IEVDRTEARRARRENNIVGGHPVSRGSAKLRWLVEKGFVSPIGKVIDLGCGRGGWSYYAA
>Query_se
ANIFRGSYLAGAGLAFSLIKNAQTPRRGTGTTGETLGEKWKRQLNSLDRKEFEEYKRSGI
LEVDRTEAKSALKDGSKI-KHAVSRGSSKIRWIVERGMVKPKGKVVDLGCGRGGWSYYMA
答案1
你可以在 python 中執行此操作：
import re
tem1 = [ "------------------------------------------------------------",
"--------------------------------GETLGEKWKKKLNQLSRKEFDLYKKSGI",
"TEVDRTEAKEGLKRGETT-HHAVSRGSAKLQWFVERNMVIPEGRVIDLGCGRGGWSYYCA"
]
tem2 = [ "------------------------------------------------------------",
"--------------------------------GRTLGEQWKEKLNAMSREEFFKYRREAI",
"IEVDRTEARRARRENNIVGGHPVSRGSAKLRWLVEKGFVSPIGKVIDLGCGRGGWSYYAA"
]
query = [ "PKFEKQLGQVMLLVLCAGQLLLMRTTWAFCEVLTLATGPILTLWEGNPGRFWNTTIAVST",
"ANIFRGSYLAGAGLAFSLIKNAQTPRRGTGTTGETLGEKWKRQLNSLDRKEFEEYKRSGI",
"LEVDRTEAKSALKDGSKI-KHAVSRGSSKIRWIVERGMVKPKGKVVDLGCGRGGWSYYMA"
]
for line in range(2):
if re.search("^-*$", tem1[line]) and re.search("^-*$", tem2[line]):
tem1.pop(line)
tem2.pop(line)
query.pop(line)
print(tem1, tem2, query)
現在您需要做的就是解析輸入文件並格式化輸出文件