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如何使用Unix rename指令批次重命名檔案？

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如何使用Unix rename指令批次重命名檔案？

我的文件的名稱如下所示：

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.bwa.sam

我想要做的是將所有名稱替換indel為snp

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.bwa.sam

但是為什麼這個unix指令不起作用呢？

$ rename 's/indel/snp/' *.sam

答案1

因為您使用了錯誤的重新命名程式。 這是正確的。

答案2

「正常」rename實用程式（ 的一部分util-linux）需要 3 個或更多參數（如 TFM.. 中提到的）

rename FROM TO filespec...

因此，您（可能）正在尋找：

rename .indel. .snp. *.sam

首先在臨時目錄上測試這一點，因為您可能正在使用rename.

或檢查手冊頁。 咳嗽

答案3

ls -1 | while read item
do
  mv $item $(echo $item|sed -e s/.indel./.snp./g);
done

答案4

rename不進行sed-style 替換。這個非常短的 Perl 腳本將讓您執行以下操作regmv *.sam s/indel/snp/：

#!/usr/bin/perl -w
#
# regmv - Rename files using a regular expression
#
# This program renames files by using a regular expression to
# determine their new name.
#
# Usage: regmv file [file ...] regexp
#
# $Id: regmv,v 1.1 1998/10/14 17:07:55 blrfl Exp $
#

sub at_clean()
{
    my $message = $@;
    $message =~ s|\s+at /.*$||s;
    return $message;
}

(@ARGV > 1)
    || die "Usage: regmv [options] file [file ...] regexp\n";

my $expr = pop @ARGV;

$_ = 'SomeValue';
eval "\$_ =~ $expr";
die "Yuck: " . at_clean() if $@;

foreach (@ARGV)
{
    my $old = $_;

    eval "\$_ =~ $expr";

    next if $_ eq $old;

    (rename $old, $_)
        || die "Rename failed: $!\n";
}

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