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在 LSF-bsub 中設定包含路徑

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在 LSF-bsub 中設定包含路徑

我正在 HPC 上運行一項艱鉅的任務。但該作業安裝的程式是舊版本，而我的主目錄中有新版本。我可以登入任何節點，使用 匯出新版本的路徑export PATH=/home/bharat/scratch/bin/:$PATH。但是，我不確定是否在登入 shell 中匯出路徑並使用 提交作業bsub，那麼新匯出的路徑是否會被執行該作業的所有節點使用。

我可以將這些檔案複製到預設包含目錄之一中，但我的系統管理員不太急於盡快為我執行此操作。

現在導出所有節點的路徑的最佳方法是什麼？我可以使用export命令+job命令編寫一個shell腳本並將該腳本傳遞給bsub嗎？

答案1

現在導出所有節點的路徑的最佳方法是什麼？我可以使用export命令+job命令編寫一個shell腳本並將該腳本傳遞給bsub嗎？

是的。編寫一個腳本（假設其名為myscript），既設定 PATH 又啟動程式。然後使用命令列提交您的作業bsub myscript。將使用您的本機安裝而不是系統安裝。

更簡單的選擇是，LSF 將提交環境的環境變數設定到執行環境中，包括 PATH。

[mclosson@hostA ~]$ echo $PATH
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/bin:/usr/bin
[mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH'
Job <217> is submitted to default queue <interactive>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostB>>
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin

現在更新您的路徑，使其包含程式的本機安裝。

[mclosson@hostA ~]$ export PATH=/tmp/xxx:$PATH
[mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH'
Job <218> is submitted to default queue <interactive>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostB>>
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/tmp/xxx:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin

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