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安裝 Burrows-Wheeler Aligner 時遇到問題 (Linux)

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安裝 Burrows-Wheeler Aligner 時遇到問題 (Linux)

請耐心等待，我剛開始使用虛擬機器和 Linux。

我在安裝 BWA 時遇到問題（關聯）在我的 Linux 虛擬機器上。我嘗試了幾種方法，我找到的最完整的說明來自醫療部門康乃爾大學，但我可能誤解了他們想要我做什麼。

我從 sourceforge 下載了最新版本 0.7.9a 並將其移至我的主目錄中的一個資料夾。該文件的路徑是：

/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2

然後我解壓縮該文件：

bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2

然後對文件進行去皮：

tar xvf bwa-0.7.9a.tar

然後我進入我建立的新目錄：

cd bwa-0.7.9a

然後我使用了“make 指令”

make

這就是我掛斷的地方：

終端列印此錯誤：

jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c   bwase.c     bwtsw2_aux.c    kopen.c    NEWS.md
bamlite.h   bwase.h     bwtsw2_chain.c  kseq.h     pemerge.c
bntseq.c    bwaseqio.c  bwtsw2_core.c   ksort.h    QSufSort.c
bntseq.h    bwtaln.c    bwtsw2.h        kstring.c      QSufSort.h
bwa.1       bwtaln.h    bwtsw2_main.c   kstring.h      qualfa2fq.pl
bwa.c       bwt.c       bwtsw2_pair.c   ksw.c      README.md
bwa.h       bwtgap.c    ChangeLog       ksw.h      utils.c
bwa-helper.js   bwtgap.h    COPYING     kthread.c      utils.h
bwamem.c    bwt_gen.c   example.c       kvec.h     xa2multi.pl
bwamem_extra.c  bwt.h       fastmap.c       main.c
bwamem.h    bwtindex.c  is.c        Makefile
bwamem_pair.c   bwt_lite.c  kbtree.h        malloc_wrap.c
bwape.c     bwt_lite.h  khash.h     malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS  utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
 #include <zlib.h>
              ^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$

我不知道如何處理這個錯誤。你們能提供一些關於需要做什麼的見解嗎？

我的第二個問題與康乃爾網站提供的說明中的後續步驟有關。上面寫著，

「透過編輯 ~/.bashrc 並加入將 bwa 加入您的 PATH

export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"

我已在我的主目錄中找到 .bashrc （我可以透過在命令列中使用 ls -a 或在資源管理器中使用 ctrl+h 來查看它）。我不確定如何編輯文件以包含適當的程式碼行，即我是否只需將其貼到該文件中的任何位置？

我將他們的指示解釋為我應該添加一些類似的內容

export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a

但我不確定這是否正確。

我已經透過以下命令安裝了更早的版本（0.5）。

get-apt install bwa

但是，我不想使用該程式的過時版本。

你們能給我的任何幫助將不勝感激。

謝謝，

主機作業系統：Windows 7 Home Premium（64 位元）（Service Pack 1）
虛擬機器軟體：Oracle VirtualBox 版本 4.3.12
來賓機作業系統：Ubuntu 14.02（32 位元（我無法讓 64 位元運作）

答案1

看來您缺少 ZLIB 頭檔。

嘗試：

sudo apt-get install zlib1g-dev

或者可能：

sudo apt-get install zlib-dev

第一個應該是正確的，但我沒有 Ubuntu 機器來測試它。

希望這能解決您的問題！

編輯
創建了一個 Ubuntu VM 並驗證了sudo apt-get install zlib1g-dev是正確的命令。

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