PyMOL 有一個名為 APBS 工具的插件（http://www.pymolwiki.org/index.php/Apbsplugin）需要三個不同的檔案輸入：
- APBS 二進位檔案 (apbs.exe)
- APBS psize.py 文件
- PDB2PQR pdb2pqr.py 文件
我已經安裝了 APBS，並且 apbs.exe 和 psize.py 都在我的 C:\APBS 目錄中。 PDB2PQR是個問題，我已經下載了http://sourceforge.net/projects/pdb2pqr/files/latest/download（適用於 64 位元 Windows 的版本 2.0.0）提取其內容，但在提取的目錄中找不到任何 pdb2pqr.py 檔案。我還嘗試下載 pdb2pqr 1.8.0 tarball (.tar.gz) 並提取其內容，因為我在 PyMOL 用戶郵件列表上被告知它應該包含 pdb2pqr.py 文件並且可能與 PyMOL 更相容。但這個 tarball 是原始碼，必須進行編譯，據我所知，這在 Windows 7 上是不可能的。
答案1
http://www.poissonboltzmann.org/
這將是透過與他們的技術幫助部分和支援聊天來獲取答案的最有效方法。至於在Windows 7上編譯，是的，只要你有完整的原始碼和編譯例程檔就可以。
由於Windows 7 不接受未簽署的驅動程序，您可能會遇到軟體故障，加上您在根目錄中安裝，這是一個壞主意，因為Win 7、8 等在根目錄中為舊類型安裝提供了塊。
就我個人而言，我會考慮對安裝進行更改，看看是否可以將其安裝在主程式檔案目錄或程式檔案 x86（如果是 32 位元軟體）中。
您可能會發現有必要修改驅動器安全功能才能進行安裝。在繼續之前請閱讀 Microsoft 的說明，並在編譯之前仔細檢查所有編碼。如果它是基於 Linux / Unix 伺服器的系統，虛擬 Ubuntu 伺服器雙重安裝可能對您有用。
這是一般訊息，因為我不了解問題所涉及的使用或文件系統，應將其視為建議。如果有疑問，請與製造商聯繫並尋求協助，這始終是您的第一選擇。